在R中绘制PCoA排序图时无法手动调整各处理组点大小

问题背景 #

处理细菌OTU/ASV表，使用R的phyloseq包绘制PCoA排序图，需按10个处理组手动调整点的大小。目前可正常修改各组颜色和形状，但尝试在plot_ordination()中添加size = 'Treatment'参数时触发「unused argument」错误。

报错代码 #

ordi.abg = plot_ordination(physeq.2, sb.ord.abg, type = 'samples', color = 'Treatment', shape = 'Treatment', size = 'Treatment')
ordi.abg

报错信息 #

Error in plot_ordination(physeq.2, sb.ord.abg, type = "samples", color = "Treatment",  :
unused argument (size = "Treatment")

当前可运行代码（仅调整颜色、形状） #

ordi.abg  + geom_point(size=5) + 
  theme_bw(base_size = 12) +
  ggtitle('Soybean 20oz / CWT ') +
  theme(text = element_text(size = 10),
    axis.text = element_text(size = 7),
    axis.title = element_text(size = 5)) +
scale_color_manual(values = c("#003366", "#666699" , "#6666CC", "#6666FF", "#336699", "#330000",    "#990000", "#CC0000", "#FF0000", "#660000")) +
scale_shape_manual(values=c(1,1,1,1,1,2,2,2,2,2)) +

解决方案 #

plot_ordination()函数本身不支持直接传入size参数进行分组映射，需通过后续图层绑定size映射并手动指定大小：

1. 先调用plot_ordination()时仅指定color和shape的分组映射：

ordi.abg = plot_ordination(physeq.2, sb.ord.abg, type = 'samples', color = 'Treatment', shape = 'Treatment')

2. 在图层中修改geom_point()，将size绑定到Treatment分组，再用scale_size_manual()传入对应10个处理组的大小值：

ordi.abg + 
  geom_point(aes(size = Treatment)) +
  theme_bw(base_size = 12) +
  ggtitle('Soybean 20oz / CWT ') +
  theme(text = element_text(size = 10),
        axis.text = element_text(size = 7),
        axis.title = element_text(size = 5)) +
  scale_color_manual(values = c("#003366", "#666699" , "#6666CC", "#6666FF", "#336699", "#330000", "#990000", "#CC0000", "#FF0000", "#660000")) +
  scale_shape_manual(values=c(1,1,1,1,1,2,2,2,2,2)) +
  scale_size_manual(values = c(3, 3, 3, 3, 3, 6, 6, 6, 6, 6))  # 按需调整各组大小，长度需与处理组数量一致

注意事项 #

• scale_size_manual()的values参数长度必须与处理组数量（10个）匹配
• values的顺序要和scale_color_manual()、scale_shape_manual()的分组顺序对应，保证同一处理组的视觉属性统一

内容的提问来源于stack exchange，提问作者JABR