使用rentrez包时View()触发逻辑 coercion错误求助

错误提示 #

Error in is.na(output) || !is.character(output) :
'length = 3' in coercion to 'logical(1)'

触发错误的代码 #

library(rentrez)
gene_sombols <- "IL7"
organism <- "human"
query <- paste(gene_sombols, organism, sep = " ")
genes <- entrez_search(db="gene", term = query, retmax=1)

原本可正常运行的代码 #

genes <- entrez_search(db="gene", term = "IL7 human", retmax=1)

运行上述问题代码后，原本正常的代码也无法运行。

已完成的排查操作 #

• 加载旧工作空间时仍会触发错误
• 创建新工作空间无错误，已重新安装rentrez包
• 删除原有代码重新编写，执行查询后点击查看结果触发错误，执行traceback()和sessionInfo()得到以下输出：

traceback() 输出 #

> traceback()
10: .rs.explorer.objectDesc(.$object)
9: .rs.scalar(.rs.explorer.objectDesc(.$object))
8: .rs.explorer.createInspectionResult(object, context, children)
7: .rs.explorer.inspectDefault(object, context)
6: .rs.explorer.inspectObject(object[[i]], childContext)
5: FUN(X[[i]], ...)
4: lapply(indices, function(i) {
       if (is.null(names) || !nzchar(names[[i]])) {
           name <- sprintf("[[%i]]", i)
           access <- sprintf("#[[%i]]", i)
           tags <- .rs.explorer.tags$VIRTUAL
       }
       else {
           name <- names[[i]]
           access <- sprintf("#[[\"%s\"]]", name)
           tags <- character()
       }
       childContext <- .rs.explorer.createChildContext(context, 
           name, access, tags)
       .rs.explorer.inspectObject(object[[i]], childContext)
   })
3: .rs.explorer.inspectList(object, context)
2: .rs.explorer.inspectObject(object, context)
1: .rs.rpc.explorer_begin_inspect("0e1396e2e86e48d88b07ab7585d76766", 
       "resul")

sessionInfo() 输出 #

> sessionInfo()
R version 4.3.1 (2023-06-16 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19044)

Matrix products: default


locale:
[1] LC_COLLATE=German_Germany.utf8  LC_CTYPE=German_Germany.utf8   
[3] LC_MONETARY=German_Germany.utf8 LC_NUMERIC=C                    
[5] LC_TIME=German_Germany.utf8    

time zone: Europe/Berlin
tzcode source: internal

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] rentrez_1.2.3

loaded via a namespace (and not attached):
[1] httr_1.4.7      compiler_4.3.1  R6_2.5.1        tools_4.3.1     curl_5.2.0     
[6] jsonlite_1.8.8  XML_3.99-0.16.1

解决建议 #

• 避免使用RStudio的View()函数查看entrez_search返回的对象，改用命令行方式查看：用str(resul)查看完整结构，或直接访问resul$ids、resul$esearchresult等具体元素
• 彻底清理旧工作空间，后续使用全新的工作环境运行代码，不要加载之前出错的工作空间文件
• 更新RStudio到最新版本，该错误由RStudio内置的对象探索器函数触发，新版本可能修复兼容性问题
• 如果需要可视化查看结果，可将查询返回的核心数据转换为数据框，比如执行as.data.frame(resul$esearchresult)后再用View()查看

内容的提问来源于stack exchange，提问作者wbart