Matplotlib散点图导出PDF报错：ValueError空数组求最大值

问题原因 #

这是Matplotlib 3.8.0版本的已知bug：当给plt.scatter()设置ls=""（空字符串）时，导出PDF会触发内部数组运算错误。而plt.plot()因实现逻辑不同不受影响，PNG导出的渲染路径与PDF存在差异，所以不会出现异常。

解决方法 #

• 替换合法的无连线参数：将ls=""改为Matplotlib官方认可的ls="none"，这是设置无连线的标准写法，修改后可正常导出PDF，同时保留散点标记和数据着色功能：

  import matplotlib.pyplot as plt
  import numpy as np
  
  x = np.random.rand(50)
  y = np.random.rand(50)
  colors = np.random.rand(50)
  
  plt.scatter(x, y, c=colors, ls="none")
  plt.savefig("scatter_plot.pdf")
  plt.close()
  

• 升级Matplotlib版本：如果允许更新依赖，升级到3.8.1及以上版本，该bug已在后续版本中修复，升级后使用ls=""也不会报错：

  pip install --upgrade matplotlib>=3.8.1
  

• 用plt.plot()模拟散点图（备选）：若暂时无法修改参数或升级版本，可通过plt.plot()配合标记样式实现相同效果，同时保留数据着色：

  plt.plot(x, y, 'o', c=colors, ls="none")
  plt.savefig("scatter_plot.pdf")
  plt.close()
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Erik