使用ggbreak的scale_y_break后Y轴异常，如何保留Y轴底部为0？

问题背景 #

我的ggplot回归图包含多个0值，模型不允许负值，因此Y轴最低值设为0。但在最大x值处标准误（standard error）低于0，尝试用scale_y_break缩减离群点空间后，回归图上移、标准误低于0，Y轴整体混乱，且添加scale_y_break后对象无法再用常规ggplot调整ylim。

解决方案 #

方案1：手动控制回归预测范围，避免负值 #

先拟合模型并生成预测数据，强制将所有低于0的预测值和置信区间下限设为0，再用geom_line和geom_ribbon替代stat_smooth，最后添加Y轴断点：

library(ggplot2)
library(ggbreak)

x_values <- c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13)
y_values <- c(40, 12, 11, 10, 9, 9, 9, 8, 7.5, 0, 0, 0, 1)
custom_data <- data.frame(x = x_values, y = y_values)

# 拟合线性模型并生成带置信区间的预测数据
lm_model <- lm(y ~ x, data = custom_data)
pred_data <- as.data.frame(predict(lm_model, interval = "confidence", newdata = custom_data))
pred_data$x <- custom_data$x

# 强制所有Y相关值不低于0
pred_data$lwr <- pmax(pred_data$lwr, 0)
pred_data$fit <- pmax(pred_data$fit, 0)

# 绘图
graph <- ggplot(custom_data, aes(x = x, y = y)) +
  geom_point(size = 2, colour= "blue") +
  # 绘制回归线和置信区间
  geom_line(aes(y = fit), data = pred_data, col = "black") +
  geom_ribbon(aes(ymin = lwr, ymax = upr), data = pred_data, alpha = 0.2, fill = "grey") +
  scale_y_continuous(breaks = seq(0, 50, 5)) +
  scale_y_break(c(30, 35)) +
  labs(x = "Distance à la source", y = "Nombre de colonies") +
  theme_classic()

graph

方案2：使用coord_break替代scale_y_break #

ggbreak的coord_break能更稳定地控制坐标轴范围，避免scale_y_break导致的布局偏移，同时保留Y轴下限为0：

library(ggplot2)
library(ggbreak)

x_values <- c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13)
y_values <- c(40, 12, 11, 10, 9, 9, 9, 8, 7.5, 0, 0, 0, 1)
custom_data <- data.frame(x = x_values, y = y_values)

graph <- ggplot(custom_data, aes(x = x, y = y)) +
  geom_point(size = 2, colour= "blue") +
  stat_smooth(formula = y ~ x, method = "lm", col = "black", se = TRUE) +
  labs(x = "Distance à la source", y = "Nombre de colonies") +
  theme_classic() +
  # 设定Y轴范围和断点，直接固定下限为0
  coord_break(ylim = c(0, 45), breaks = c(30, 35)) +
  scale_y_continuous(breaks = seq(0, 50, 5))

graph

问题原因说明 #

scale_y_break会修改坐标轴的底层变换规则，导致stat_smooth的计算不再受原coord_cartesian的Y轴范围限制，进而出现标准误低于0、回归线偏移的问题。而手动控制预测值或使用coord_break，能确保Y轴下限始终为0，同时维持回归图的正确显示。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Iris15