安装OpenFold时遇libpthread文件找不到问题，如何解决？

执行以下OpenFold安装命令时：

pip install 'openfold @ git+https://github.com/aqlaboratory/openfold.git@4b41059694619831a7db195b7e0988fc4ff3a307'

出现链接器错误：

~anaconda3/envs/esmfold/compiler_compat/ld: cannot find /lib64/libpthread.so.0: 没有那个文件或目录
~/anaconda3/envs/esmfold/compiler_compat/ld: cannot find /usr/lib64/libpthread_nonshared.a: 没有那个文件或目录

根本原因 #

安装过程中执行python setup.py install --user时，默认使用的g++编译器无法定位/lib64/libpthread.so.0和/usr/lib64/libpthread_nonshared.a这两个文件。

解决步骤 #

• 安装指定版本的gxx编译器：

  conda install 'gxx=9.5.0'
  

• 设置编译环境变量，指定conda环境的sysroot路径：

  export CFLAGS='-Wl,sysroot=~/anaconda3/envs/esmfold/x86_64-conda-linux-gnu/sysroot'
  

• 重新运行最初的pip安装命令即可解决问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jianquan Zhao