R语言函数报错：按菌种计算药敏率时对象未找到问题排查

解决方案 #

方案1：使用tidy eval（.enquo() + !!） #

将参数转为引用对象，再在summarise中解引用，同时简化敏感率计算逻辑（mean()等价于sum()/n()）：

calculate_by_spec <- function(dat, po) {
  # 将参数转为引用
  po_col <- .enquo(po)
  x1 <- dat %>% 
    group_by(organism_name) %>% 
    # 解引用并计算敏感率，.groups="drop"清除分组状态
    summarise(susceptibility = mean((!!po_col) == "S"), .groups = "drop")
  
  print(x1)
}

# 调用（直接传裸列名）
calculate_by_spec(demo_dat, amox_clav_po)

方案2：通过字符串传递列名 #

如果习惯用字符串指定列名，使用.data代词访问数据框列：

calculate_by_spec <- function(dat, po) {
  x1 <- dat %>% 
    group_by(organism_name) %>% 
    summarise(susceptibility = mean(.data[[po]] == "S"), .groups = "drop")
  
  print(x1)
}

# 调用（列名需加引号）
calculate_by_spec(demo_dat, "amox_clav_po")

方案3：用janitor::tabyl实现（符合最初思路） #

如果想用tabyl，可以直接按分组统计各类敏感性占比，再计算敏感率：

calculate_by_spec <- function(dat, po) {
  po_col <- .enquo(po)
  dat %>% 
    # 按菌种和敏感性分组统计
    tabyl(organism_name, !!po_col) %>% 
    # 计算敏感率
    mutate(susceptibility = S / (S + I + R)) %>% 
    # 保留需要的列
    select(organism_name, susceptibility)
}

calculate_by_spec(demo_dat, amox_clav_po)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Tim