如何从gtsummary包的tbl_summary()中获取统计检验详细结果？

gtsummary 默认的 add_p() 仅输出p值，但可以通过自定义p值格式化函数，直接在表格中展示Kruskal-Wallis、卡方检验的完整统计结果（包括统计量、自由度、p值），无需单独运行每个检验。

修改后的完整代码 #

library(tidyverse)
library(gtsummary)
library(palmerpenguins)
library(glue) # 需加载glue用于字符串拼接

# 自定义函数：根据检验类型格式化输出完整结果
format_test_details <- function(p_val, test_obj) {
  # 处理Kruskal-Wallis检验
  if (inherits(test_obj, "htest") && test_obj$method == "Kruskal-Wallis rank sum test") {
    h_stat <- round(test_obj$statistic, 2)
    df <- test_obj$parameter
    formatted_p <- style_pvalue(p_val, digits = 3)
    glue("H({df}) = {h_stat}, {formatted_p}")
  }
  # 处理卡方检验
  else if (inherits(test_obj, "htest") && grepl("Chi-squared test", test_obj$method)) {
    chi_stat <- round(test_obj$statistic, 2)
    df <- test_obj$parameter
    formatted_p <- style_pvalue(p_val, digits = 3)
    glue("χ²({df}) = {chi_stat}, {formatted_p}")
  }
  # 其他检验默认输出格式化后的p值
  else {
    style_pvalue(p_val, digits = 3)
  }
}

penguins %>% 
  tbl_summary(
    by = species,
    missing = "no",
    statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} {sd}"),
    label = list(bill_length_mm = "Bill length (mm)")
  ) %>%
  add_p(
    all_continuous() ~ "kruskal.test",
    all_categorical() ~ "chisq.test", # 明确分类变量用卡方检验
    pvalue_fun = function(x) format_test_details(x, attr(x, "test_obj")),
    include = everything()
  ) %>% 
  bold_p()

关键说明 #

• 自定义函数format_test_details通过attr(x, "test_obj")获取add_p()生成的检验对象，从中提取统计量、自由度等信息，拼接成你需要的格式。
• 针对连续变量的Kruskal-Wallis检验，输出格式为 H(自由度) = 统计量, p值；针对分类变量的卡方检验，输出格式为 χ²(自由度) = 统计量, p值。
• 需提前加载glue包用于字符串拼接，如果未安装可先运行install.packages("glue")。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者always.learning