Snakemake 8.0+中Slurm配置文件失效及文档不一致问题

Snakemake 8.x对集群执行相关参数做了统一重命名，旧版的cluster-*系列参数全部替换为executor-*前缀，具体对应关系如下：

• cluster → executor：指定执行器类型为slurm
• cluster-status → executor-status：对应Slurm任务状态检查脚本路径
• cluster-cancel → executor-cancel：对应Slurm任务取消脚本路径
• cluster-sidecar → executor-sidecar：对应Slurm sidecar脚本路径

你需要修改Slurm profile的配置文件（通常是config.yaml），将所有旧参数替换为上述新参数。例如原配置中的：

cluster: sbatch --partition={resources.partition} --mem={resources.mem_mb}MB
cluster-status: status.sh

需改为：

executor: slurm
executor-status: status.sh
# 资源调度参数移至executor相关配置块，或通过--executor-args传递
executor-args: "--partition={resources.partition} --mem={resources.mem_mb}MB"

官方文档中，集群执行的新说明可查看Snakemake 8.x文档的「Cluster Execution」章节，迁移细节参考官方迁移指南里的「Executor Renaming」部分。你也可以通过执行snakemake --help | grep executor快速查看所有新参数说明。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者audald