使用SSH克隆GitHub仓库时遭遇Permission Denied权限拒绝问题

核心原因：sudo 会切换到root用户环境执行命令，而你之前配置的SSH密钥存放在普通用户的~/.ssh/目录下，root用户的~/.ssh/目录中没有对应的认证密钥，导致克隆时权限验证失败。同时主机密钥警告也是因为root用户的known_hosts文件未记录GitHub的主机密钥，和普通用户的known_hosts不是同一个文件。

解决方法 #

方法1：避免使用sudo克隆（推荐） #

除非你必须将仓库放在需要root权限的系统目录（如/opt），否则直接用普通用户身份克隆：

git clone git@github.com:user/repo.git

如果后续需要调整目录权限，再用sudo chown或sudo chmod修改。

方法2：给root用户配置SSH密钥（如需sudo克隆） #

如果必须用root身份克隆，需要为root用户单独配置SSH认证：

• 切换到root用户：

  sudo su
  

• 生成root的SSH密钥（或复制普通用户的密钥到root目录）：
  • 生成新密钥（一路回车即可）：

    ssh-keygen -t ed25519 -C "your_email@example.com"
    

  • 或复制普通用户的密钥（替换your_user为你的用户名）：

    cp ~your_user/.ssh/id_ed25519* /root/.ssh/
    

• 设置密钥文件的正确权限（SSH对权限要求严格）：

  chmod 700 /root/.ssh
  chmod 600 /root/.ssh/id_ed25519
  chmod 644 /root/.ssh/id_ed25519.pub
  

• 将root用户的公钥（/root/.ssh/id_ed25519.pub内容）添加到GitHub的SSH and GPG keys中
• 验证root的SSH连接：

  ssh -T git@github.com
  

  确认返回You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access后，再执行克隆命令。

主机密钥警告的补充处理 #

清理root用户的known_hosts记录，解决主机密钥不一致问题：

sudo ssh-keygen -R github.com

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user8758206