scikit-kbio引发ImportError：无法从scipy.stats导入ConstantInputWarning

错误信息 #

ImportError: cannot import name 'ConstantInputWarning' from 'scipy.stats' (/home/smith/miniconda3/lib/python3.8/site-packages/scipy/stats/__init__.py)

环境版本 #

• Python：3.8
• scipy：1.8.1
• numpy：1.22.4
• skbio：0.5.9

问题原因 #

近期安装numba等软件时，可能间接升级了scipy版本。skbio 0.5.9的代码依赖旧版scipy的模块结构——ConstantInputWarning在scipy 1.7.x及之前属于scipy.stats公开模块，但scipy 1.8.x版本将其移至scipy.stats._stats_py私有模块，旧版skbio仍从原路径导入，导致报错。

解决方法 #

方法1：降级scipy到兼容版本 #

直接将scipy降级到skbio 0.5.9支持的版本（如1.7.3），执行以下命令：

# 使用pip
pip install scipy==1.7.3

# 若使用conda环境
conda install scipy=1.7.3

方法2：修改skbio导入代码（临时应急） #

找到skbio中涉及ConstantInputWarning导入的文件（例如skbio/stats/ordination/_utils.py），将导入语句：

from scipy.stats import ConstantInputWarning

替换为：

from scipy.stats._stats_py import ConstantInputWarning

注意需修改所有相关导入的文件，此方法适合临时解决，但skbio更新后会覆盖修改。

方法3：更新skbio到最新兼容版本 #

检查并升级skbio至支持scipy 1.8.x的版本，执行命令：

# 使用pip
pip install --upgrade scikit-bio

# 若使用conda环境
conda update scikit-bio

升级前确认新版本对Python、numpy等依赖的要求是否与当前环境兼容。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Roger V.