如何在R的ComplexHeatmap中显示离散值图例中的缺失值？

问题背景 #

使用ComplexHeatmap展示1-10的离散值矩阵时，因部分值（7、8、9）被设为NA或替换为1，图例中自动隐藏了这些缺失值的对应条目，希望强制让1-10所有值都显示在图例里。

原代码如下：

library(ComplexHeatmap)

discrete_mat = matrix(sample(1:10, 100, replace = TRUE), 10, 10)
discrete_mat[discrete_mat==7]<-NA
discrete_mat[discrete_mat==8]<-1
discrete_mat[discrete_mat==9]<-1

pal <- colorRampPalette(c("skyblue", "yellow", "orange", "darkred"))(10)
colors = structure(pal, names = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10"))

Heatmap(discrete_mat,
    name = "Legend", 
    col = colors,
    cluster_rows = FALSE, # 关闭行聚类
    cluster_columns = FALSE
)

解决方案 #

默认情况下，ComplexHeatmap的图例只会展示矩阵中实际存在的离散值。要强制显示所有1-10的标签，只需在Heatmap()函数中添加heatmap_legend_param参数，手动指定图例的刻度和标签为所有预设的颜色名称即可。

修改后的完整代码：

library(ComplexHeatmap)

discrete_mat = matrix(sample(1:10, 100, replace = TRUE), 10, 10)
discrete_mat[discrete_mat==7]<-NA
discrete_mat[discrete_mat==8]<-1
discrete_mat[discrete_mat==9]<-1

pal <- colorRampPalette(c("skyblue", "yellow", "orange", "darkred"))(10)
colors = structure(pal, names = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10"))

Heatmap(discrete_mat,
    name = "Legend", 
    col = colors,
    cluster_rows = FALSE, 
    cluster_columns = FALSE,
    # 强制指定图例显示所有1-10的标签
    heatmap_legend_param = list(
        at = names(colors),
        labels = names(colors)
    )
)

关键说明 #

• heatmap_legend_param$at：指定图例要显示的刻度值，这里直接用颜色向量的名称（即1-10）
• heatmap_legend_param$labels：对应刻度的显示标签，和at保持一致即可

这样修改后，即使矩阵中没有7、8、9这些值，图例也会完整显示1-10所有条目及其对应颜色。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Martin