Shiny应用部署至shinyapps.io时无法读取.RData文件的问题及解决方法

我有一个Shiny应用，本地运行完全正常，但部署到shinyapps.io后就报错了。日志里的错误信息是：

cannot open compressed file 'C:/Users/User/Documents/Ant/foo_upwork.RData', probable reason 'No such file or directory' Error in value[3L] : cannot open the connection

我确认本地的文件路径是对的，文件也确实存在，请问问题出在哪？怎么在shinyapps.io里正确读取.RData文件？

附带的应用代码如下：

library(shiny)
library(ggplot2)
load("C:/Users/User/Documents/Ant/foo_upwork.RData")
ui <- pageWithSidebar(
 headerPanel("Scattetrplot"),
 sidebarPanel(
 selectInput("xcol", "X Variable", choices = c("Acled_Total", "Acled_no_inst", "Acled_Health"), selected = "Acled_Total", multiple = F ),
 selectInput("ycol", "Y Variable", choices = c("I3", "I4", "I5", "I6"), selected = "I3", multiple = F ),
 ),
 mainPanel(
 plotOutput("plot1")
 )
)
server <- function(input, output) {
 new <- reactive({
 myvars <- input$xcol
 newdata <- foo_upwork[myvars]
 })
 output$plot1 <- renderPlot({
 ggplot(foo_upwork, aes(x = .data[[input$xcol]], y = .data[[input$ycol]], fill = ADM0_FR, shape = ADM0_FR)) +
 geom_point(position = position_jitter(h = 0.1, w = 0.1), alpha = 0.5, size = 1.5) +
 scale_fill_manual(values = c("red", "blue", "orange")) +
 scale_shape_manual(values = c(23, 24, 25)) +
 geom_text(
 position = position_jitter(h = 0.10, w = 0.55),
 aes(label = ifelse(new()[, 1] > quantile(new()[, 1], 0.98), as.character(ADM3_FR), "" )),
 vjust = 3, size = 2.75
 ) +
 labs(x = as.character(input$xcol), y = as.character(input$ycol)) +
 theme_bw()
 })
}
shinyApp(ui, server)

这个问题很典型——你混淆了本地Windows文件系统的绝对路径和shinyapps.io云端服务器的文件系统！

问题根源 #

shinyapps.io是运行在云端的Linux服务器，它根本没有你本地的C:/Users/User/Documents/Ant/这个路径，自然找不到你的.RData文件。本地的绝对路径只在你自己的电脑上有效，部署到云端后完全失效。

解决步骤 #

1. 整理项目文件结构
   把foo_upwork.RData文件移动到你的Shiny项目的根目录下——也就是和你的这个app脚本（比如app.R）放在同一个文件夹里。

2. 修改load()的路径为相对路径
   把代码里的第3行从绝对路径改成相对路径：

   # 原来的无效代码
   # load("C:/Users/User/Documents/Ant/foo_upwork.RData")
   
   # 修改后的有效代码
   load("foo_upwork.RData")
   

3. 确保部署时包含该文件
   用rsconnect部署应用的时候，默认会上传项目目录里的所有文件，只要你的.RData文件在项目根目录，就会被一起传到shinyapps.io服务器上。如果之前排除过文件，记得检查部署配置，确保没漏掉这个.RData。

额外验证小技巧 #

在本地运行修改后的代码前，可以先执行file.exists("foo_upwork.RData")，如果返回TRUE，说明相对路径是正确的，部署后就不会出问题了。

修改后的完整代码（重点改了第3行）：

library(shiny)
library(ggplot2)
load("foo_upwork.RData")  # 这里改成了相对路径
ui <- pageWithSidebar(
 headerPanel("Scattetrplot"),
 sidebarPanel(
 selectInput("xcol", "X Variable", choices = c("Acled_Total", "Acled_no_inst", "Acled_Health"), selected = "Acled_Total", multiple = F ),
 selectInput("ycol", "Y Variable", choices = c("I3", "I4", "I5", "I6"), selected = "I3", multiple = F ),
 ),
 mainPanel(
 plotOutput("plot1")
 )
)
server <- function(input, output) {
 new <- reactive({
 myvars <- input$xcol
 newdata <- foo_upwork[myvars]
 })
 output$plot1 <- renderPlot({
 ggplot(foo_upwork, aes(x = .data[[input$xcol]], y = .data[[input$ycol]], fill = ADM0_FR, shape = ADM0_FR)) +
 geom_point(position = position_jitter(h = 0.1, w = 0.1), alpha = 0.5, size = 1.5) +
 scale_fill_manual(values = c("red", "blue", "orange")) +
 scale_shape_manual(values = c(23, 24, 25)) +
 geom_text(
 position = position_jitter(h = 0.10, w = 0.55),
 aes(label = ifelse(new()[, 1] > quantile(new()[, 1], 0.98), as.character(ADM3_FR), "" )),
 vjust = 3, size = 2.75
 ) +
 labs(x = as.character(input$xcol), y = as.character(input$ycol)) +
 theme_bw()
 })
}
shinyApp(ui, server)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者firmo23