JMP与R回归截距及结果差异原因，如何在JMP复现R结果？

差异核心原因：因子编码方式不同 #

R和JMP默认采用了不同的因子编码规则，导致截距含义和数值出现差异：

• R默认：虚拟编码（Dummy Coding）：将因子的第一个水平设为参考组，模型截距代表「所有因子都取参考水平时的响应均值」。你的代码里time参考水平是Pre，treatment参考水平是Control，所以截距就是Pre+Control组的响应均值（1.016379），和该组样本均值一致。
• JMP默认：效应编码（Effect Coding）：截距代表所有组的总响应均值，也就是四个组（Pre-Control、Pre-Treatment、Post-Control、Post-Treatment）的响应平均值，计算下来约为1.54，和你得到的JMP结果匹配。JASP里的H0/H1结果差异，本质也是这两种编码方式的切换。

在JMP中复现R的回归结果 #

要得到和R一致的输出，需要把JMP的因子编码改为虚拟编码（JMP中称为「指示变量编码」），步骤如下：

1. 打开Fit Model窗口，将time、treatment以及两者的交互项选入模型效应列表
2. 分别点击time和treatment因子旁的红色三角菜单，选择「Estimates」→「Indicator Coding」
3. 确认参考水平：确保time的参考组是Pre，treatment的参考组是Control（JMP默认会以因子的第一个水平为参考，和你的R代码设置一致，无需额外调整）
4. 点击「Run」重新拟合模型，即可得到和R完全一致的截距及系数结果

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Andrzej Andrzej