添加p值后分面抖动图结构异常，如何维持Y轴范围不变？

核心原因 #

df.dunn.stat中的y.position数值过大，强制拉伸了每个分面的Y轴范围，挤占了箱线图的展示空间。

具体解决方法 #

方法1：动态计算每个分面的合理y.position #

根据每个分面内log_titers的最大值，加上固定比例的偏移量作为该分面的p值位置，替代统一的超大数值，让p值位置适配各分面的数据范围。

示例代码：

# 按分面字段abs计算每个分面的log_titers最大值
max_y <- test1 %>%
  group_by(abs) %>%
  summarise(max_titer = max(log_titers, na.rm = TRUE))

# 将最大值合并到p值数据框，设置y.position为最大值的1.1倍（比例可根据图表调整）
df.dunn.stat <- df.dunn.stat %>%
  left_join(max_y, by = "abs") %>%
  mutate(y.position = max_titer * 1.1)

方法2：用coord_cartesian固定Y轴显示范围 #

如果不想修改df.dunn.stat，可以通过coord_cartesian()锁定Y轴的显示区间，同时调整图表顶部边距，确保p值标签能完整显示在轴范围之外，且不会拉伸轴的缩放比例。

示例代码：

ggboxplot(test1, x = "group_classification", y = "log_titers",
          facet.by = "abs", add = "jitter") +
  stat_pvalue_manual(df.dunn.stat, label = "p.adj") +
  coord_cartesian(ylim = c(min(test1$log_titers, na.rm = TRUE), 
                           max(test1$log_titers, na.rm = TRUE) * 1.2)) +
  theme(plot.margin = margin(1, 1, 1, 1, "cm")) # 增大顶部边距容纳p值标签

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Someone_1313