Snakemake规则资源多方式配置的优先级规则咨询

首先明确核心原则：规则特定资源的优先级始终高于任何默认资源，无论通过哪种方式配置。当多种方式同时配置规则特定资源或默认资源时，优先级从高到低如下：

规则特定资源优先级（从高到低） #

• 命令行参数--set-resources指定的规则资源（示例：snakemake [...] --set-resources my_rule:mem_mb=10240）
• Profile目录中的脚本（如resources.py）定义的规则特定资源
• Profile目录config.yaml中set-resources字段配置的规则资源（示例：set-resources: my_rule: mem_mb: 10240）
• Snakefile目标规则内部直接定义的资源（示例：rule my_rule下的resources:块）

默认资源优先级（从高到低） #

• 命令行参数--default-resources指定的默认资源（示例：snakemake [...] --default-resources mem_mb=4096）
• Profile目录中的脚本定义的默认资源
• Profile目录config.yaml中default-resources字段配置的默认资源（示例：default-resources: mem_mb: 4096）

补充说明 #

如果某个规则未通过任何方式配置特定资源，Snakemake会自动应用优先级最高的默认资源；若同一层级存在冲突配置（如多个Profile脚本），则按配置加载的先后顺序，后加载的配置会覆盖先加载的。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者bli