因子化数据两列后ggplot堆叠图数据错位，求问题排查指导

问题根源 #

你对Stage列做因子化时犯了一个常见错误：仅指定了labels参数，未设置levels。

R默认会将原始Stage的取值按字母顺序生成因子水平（即A, E, L, P），再用你传入的labels = c('E', 'L', 'P', 'A')依次替换这些水平。这相当于把原始的A映射成E、E映射成L、L映射成P、P映射成A，直接打乱了数据与标签的对应关系，导致绘图时数据错位。

修正方案 #

正确的做法是同时指定levels和labels，让因子水平与原始数据的取值一一对应（若标签与原始值一致，可简化为仅指定levels）：

方法1：明确指定levels与labels #

food <- food |> 
  mutate(Foods = factor(Foods, levels = sort(unique(Foods)))) |> 
  mutate(Stage = factor(Stage, levels = c('E', 'L', 'P', 'A'), labels = c('E', 'L', 'P', 'A')))

方法2：简化版（labels与原始值一致时） #

food <- food |> 
  mutate(Foods = factor(Foods, levels = sort(unique(Foods)))) |> 
  mutate(Stage = factor(Stage, levels = c('E', 'L', 'P', 'A')))

方法3：用forcats包更直观调整顺序 #

library(forcats)
food <- food |> 
  mutate(Foods = fct_relevel(Foods, sort(unique(Foods)))) |> 
  mutate(Stage = fct_relevel(Stage, 'E', 'L', 'P', 'A'))

执行上述任意一种修正后，再运行绘图代码，数据就能正确对应堆叠顺序了：

food |> ggplot(aes(Foods, Mean, fill = Stage)) + geom_bar(stat = 'identity', position = 'stack')

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Vinod