Blogdown问题：R绘图被最新渲染文档覆盖

我之前帮同事处理过几乎一模一样的问题，以下几个方案应该能帮你彻底解决：

方案1：自定义每个Rmd的专属依赖目录（最推荐） #

问题的核心是所有Rmd默认共用同一个rmarkdown-libs目录，你需要给每个文档指定独立的资源存储路径。在每个foo.Rmd的YAML头部添加以下配置：

output:
  blogdown::html_page:
    self_contained: false
    lib_dir: !expr file.path("static", "lectures", basename(dirname(knitr::current_input())), "rmarkdown-libs")

这段代码会自动识别当前Rmd所在的bar目录（00、01等），生成对应的专属资源目录。比如content/lectures/00/foo.Rmd的绘图和依赖文件会被存到static/lectures/00/rmarkdown-libs，完全避免不同文档间的覆盖冲突。

方案2：手动指定knitr的绘图输出路径 #

如果方案1没生效，你可以直接控制knitr的图保存路径。在每个Rmd的开头添加这段R代码：

knitr::opts_chunk$set(
  fig.path = file.path("static", "lectures", basename(dirname(knitr::current_input())), "figure-html5/"),
  fig.retina = 1 # 可选，保证绘图清晰度
)

这样每个文档的绘图会直接存到对应bar目录下的专属文件夹里，彻底和其他文档的资源隔离开。

方案3：适配Hugo Pretty URL的路径解析 #

因为你开启了Hugo的"pretty" URL，生成的页面会是foo/index.html而非foo.html，这可能导致相对路径解析出错。你可以尝试将lib_dir设置为绝对路径格式，比如针对00目录的Rmd：

output:
  blogdown::html_page:
    lib_dir: "/static/lectures/00/rmarkdown-libs"

不过更推荐用方案1的动态路径方式，不用手动修改每个文档的配置。

方案4：更新依赖包到最新版本 #

旧版本的blogdown或rmarkdown可能存在路径处理的bug，先尝试更新到最新版：

update.packages(c("blogdown", "rmarkdown"), dependencies = TRUE)

更新后重新编织文档，有时候这类路径冲突问题会自动修复。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Milan Valášek