如何指定Snakemake创建.snakemake目录的存储位置？

可以通过以下两种方式实现把.snakemake文件夹移到本地磁盘，同时保持工作流数据写入原CIFS/SMB驱动器：

• 使用环境变量SNAKEMAKE_DIR
  调用Snakemake前设置这个环境变量，指定本地磁盘的目标路径，Snakemake会自动把.snakemake目录创建在这里，完全不影响原工作目录下的相对路径解析：

  export SNAKEMAKE_DIR=/path/to/local/disk/.snakemake
  snakemake [你的其他运行参数]
  

  比如你的本地磁盘挂载在/mnt/local，就把路径设为/mnt/local/.snakemake即可。

• 使用--local-workdir参数
  这个参数原本为集群环境设计，用来让节点在本地磁盘执行任务，但也能直接用来指定.snakemake的存放位置：

  snakemake --local-workdir /path/to/local/disk [你的其他运行参数]
  

  这样.snakemake相关的临时文件、脚本缓存都会放在指定的本地目录，工作流的输出依然严格遵循Snakefile里的路径设置。

需要注意的是，--shadow-prefix只负责shadow规则的临时文件目录，和.snakemake主目录无关，所以之前用它没效果是正常的；而--directory会改变整个工作目录的基准，导致相对路径指向新目录，确实不符合你的需求。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者kEks