AdjustText报错TypeError：query_pairs()不支持output_type参数的解决咨询

一、针对query_pairs()参数错误的修复 #

这个错误的核心是adjustText 1.0.4版本与scipy 1.5.3版本不兼容：adjustText 1.0+版本调用scipy.spatial.cKDTree.query_pairs()时使用了output_type参数，但该参数是scipy 1.6.0才新增的，你的scipy 1.5.3不支持该参数。

有两种直接的修复方式：

• 降低adjustText版本到与scipy 1.5.3兼容的版本，比如你本地验证过的0.7.3.1：

  pip install adjustText==0.7.3.1 --force-reinstall
  

• 升级scipy到1.6.0及以上版本（需确认AzureML Kernel环境允许升级，且不会破坏其他依赖项）：

  pip install scipy>=1.6.0 --upgrade
  

二、其他去除文本重叠的替代方案 #

如果不想调整包版本，可尝试以下方案：

1. matplotlib原生微调文本位置 #

手动给文本添加偏移量，结合对齐方式和背景框减少视觉重叠：

import matplotlib.pyplot as plt

# 假设x、y为PCA坐标，labels为待标注的文本
fig, ax = plt.subplots()
ax.scatter(x, y)

for xi, yi, label in zip(x, y, labels):
    # 给文本添加固定偏移，同时设置半透明背景框
    ax.text(xi + 0.02, yi + 0.02, label, ha='left', va='bottom', 
            bbox=dict(facecolor='white', alpha=0.6, edgecolor='none'))

2. 拆分长标签减少占用空间 #

如果是长标签导致的重叠，用textwrap拆分文本：

import textwrap
import matplotlib.pyplot as plt

fig, ax = plt.subplots()
ax.scatter(x, y)

for xi, yi, label in zip(x, y, labels):
    # 将长标签按指定宽度拆分
    wrapped_label = textwrap.fill(label, width=12)
    ax.text(xi, yi, wrapped_label, ha='center', va='center')

3. 基于scipy手动实现文本避碰 #

利用scipy的KDTree检测文本位置碰撞，手动调整重叠文本的位置：

from scipy.spatial import cKDTree
import matplotlib.pyplot as plt

fig, ax = plt.subplots()
ax.scatter(x, y)

# 初始化所有文本并记录位置
texts = []
positions = []
for xi, yi, label in zip(x, y, labels):
    txt = ax.text(xi, yi, label)
    texts.append(txt)
    positions.append((xi, yi))

# 构建KDTree查询重叠文本对
tree = cKDTree(positions)
# r为自定义的距离阈值，根据绘图范围调整
overlap_pairs = tree.query_pairs(r=0.15)

# 调整重叠文本的位置
offset = 0.04
for idx1, idx2 in overlap_pairs:
    # 给第二个文本添加偏移
    new_x = positions[idx2][0] + offset
    new_y = positions[idx2][1] + offset
    texts[idx2].set_position((new_x, new_y))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Aleksandra