geom_boxplot绘制仅显示扁平箱线，求问题原因及解决方法

你的代码生成的箱线图呈现扁平线条，核心原因是每个分组（每个Sample下的Group类别）仅包含1个数据点。箱线图的绘制依赖于一组数据的分布统计（如中位数、四分位数、极值等），当分组内只有单个值时，无法计算这些统计量，最终只能显示一条水平线。

查看你的数据结构：原始数据中每个Sample对应Enrichment和Non.enrichment各一个数值，转换为长格式后，每个Sample+Group的组合仅存在1条记录。在每个分面（Sample）中，x轴的两个Group各自只有一个观测值，因此无法生成完整的箱线结构。

解决方案 #

根据你的数据场景，可选择以下两种处理方式：

1. 改用适合单值展示的几何对象 #

如果你的数据本身就是每个分组仅一个值，不需要展示分布，可替换geom_boxplot()为geom_point()或geom_col()：

点图示例代码

library(tidyr)
library(ggplot2)

data <- data.frame(Sample = c("TK273751", "TK273752", "TK273753", "TK273754", 
                              "TK273755", "TK273756"), 
                   Enrichment = c(21.80, 14.10, 32.00, 20.04, 10.50, 5.20), 
                   Non.enrichment = c(38.5, 29.5, 48.3, 37.6, 42.1, 8.4)) 

data_long <- tidyr::gather(data, key = "Group", value = "Percentage", -Sample) 
data_long$Percentage <- data_long$Percentage / 100 

ggplot(data_long, aes(x = Group, y = Percentage)) + 
  geom_point(size = 3) +
  facet_wrap(~Sample) + 
  labs(x = "", y = "Percent Mapped") + 
  theme(legend.position = "none") +
  scale_y_continuous(labels = scales::percent_format())

柱状图示例代码

ggplot(data_long, aes(x = Group, y = Percentage, fill = Group)) + 
  geom_col() + 
  facet_wrap(~Sample) + 
  labs(x = "", y = "Percent Mapped") + 
  theme(legend.position = "none") +
  scale_y_continuous(labels = scales::percent_format())

2. 补充分组的重复观测数据 #

如果你的数据应包含重复实验/重复样本（即每个Sample的Group下有多个数值），需检查数据收集是否完整，补充对应分组的多个数据点后，箱线图即可正常展示分布特征。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sufia Akter Neha