我来帮你排查这个手动运行正常但Knitting时部分代码失效的问题——这种情况大概率是工作目录不匹配或者文件路径逻辑搞混了，咱们一步步拆解解决：

1. 先搞清楚Knitting时的工作目录和你手动运行的区别 #

手动运行代码时，你的R会话用的是当前设置的工作目录（可以通过getwd()查看）；但Knitting Rmd文件时，R会自动把工作目录切换到这个Rmd文件所在的文件夹。这就导致：你手动运行时能找到test_data.xlsx，但Knitting时，文件可能不在Rmd的目录下，自然读不到。

验证这个问题很简单：单独新建一个代码块放getwd()，然后执行Knitting，对比输出的路径和你手动运行getwd()得到的路径——如果不一样，那问题根源就在这。

2. 修正文件路径的两种实用方法 #

方法一：用基于Rmd文件的相对路径 #

如果test_data.xlsx和你的Rmd文件在同一个文件夹里，那直接写read_excel("test_data.xlsx")就行，但要确认文件真的在那里（有时候手动运行时工作目录是上层文件夹，你误以为文件和Rmd同目录，其实不是）。

如果文件在子文件夹里，比如Rmd在项目根目录，文件在data子文件夹，那路径要写成：

test <- read_excel("data/test_data.xlsx")

方法二：用绝对路径（临时排查专用，不推荐长期用） #

直接写文件的完整路径，比如Windows系统：

test <- read_excel("C:/Users/你的用户名/Documents/test_data.xlsx")

Mac/Linux系统：

test <- read_excel("/Users/你的用户名/Documents/test_data.xlsx")

如果这样Knitting能成功，就完全坐实是路径问题了。

进阶推荐：用here包管理路径（项目级最佳实践） #

here包会自动识别你的R项目根目录，不管你在哪里Knitting，路径都不会出错，非常适合规范的项目管理：

# 先安装并加载here包
if (!require(here)) install.packages("here")
library(here)

# 用here()指定文件路径，比如文件在项目根目录
test <- read_excel(here("test_data.xlsx"))
# 如果在data子文件夹
test <- read_excel(here("data", "test_data.xlsx"))

3. 其他排查点（概率较低，但可以确认） #

• 包加载是否生效：确保library(readxl)和library(tidyverse)放在文档开头的代码块里，且代码块没有设include=FALSE或eval=FALSE（你说其他代码能运行，这个可能性低，但可以确认）。另外，Knitting会启动新的R会话，所以可以加个保险：

  if (!require(readxl)) install.packages("readxl")
  library(readxl)
  

• 文件锁定问题：确保test_data.xlsx没有被Excel或其他程序打开，否则Knitting时会因为文件被锁定无法读取。
• 文件格式问题：尝试把Excel文件另存为.xls格式，或者用read_xlsx()（注意是下划线，readxl包的另一个函数）试试，排除格式兼容问题。

修正后的代码块示例 #

{r, fig.width=6, fig.height=6, fig.align='center'}
# 保险加载包
if (!require(readxl)) install.packages("readxl")
library(readxl)
library(tidyverse)

set.seed(123)
n <- 1000
x1 <- matrix(rnorm(n), ncol = 2)
x2 <- matrix(rnorm(n, mean = 3, sd = 1.5), ncol = 2)
x <- rbind(x1, x2)
head(x)
smoothScatter(x, xlab = "x1", ylab = "x2")

# 用相对路径（或here包路径）读取文件
test <- read_excel("test_data.xlsx")
# 查看Knitting时的工作目录，确认路径是否匹配
getwd()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者focusperson