arrange_venn()无法找到网格问题及解决方法咨询
解决ComplexUpset::arrange_venn()无法找到网格的问题
针对你遇到的问题,可尝试以下几种方案:
1. 过滤无效行(全FALSE记录)
你的数据里存在大量ind、soz、kri全为FALSE的行,这些行不属于任何集合,会干扰维恩图布局算法的网格搜索。先过滤掉这些行再尝试:
# 过滤至少属于一个集合的行 filtered_data <- venn_data %>% filter(ind | soz | kri) arrange_venn(filtered_data)
2. 调整布局算法参数
除了增加max_iterations,还可以调整模拟退火的初始温度,同时指定网格的宽高范围,给算法更多搜索空间:
arrange_venn( venn_data, max_iterations = 50000, initial_temp = 100, # 提高初始温度,让算法更易跳出局部最优 grid_height = 10, # 扩大网格高度范围 grid_width = 10 # 扩大网格宽度范围 )
3. 手动指定需展示的交集组合
如果某些交集在数据中不存在,手动指定要展示的组合,减少算法的计算量:
# 先统计所有存在的交集组合 present_combinations <- venn_data %>% filter(ind | soz | kri) %>% distinct(ind, soz, kri) # 手动传入这些组合 arrange_venn( venn_data, combinations = present_combinations )
内容的提问来源于stack exchange,提问作者samuel merk
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