使用R的keras和tensorflow训练LSTM时遇PyType_GetFlags错误求助

问题详情 #

我正在使用library(keras)和library(tensorflow)训练LSTM模型，运行代码时出现以下错误：

MODULE: Removing module /shared/modulefiles-tools/python/miniconda-3.9
Error: PyType_GetFlags - /usr/lib64/libpython2.7.so.1.0: undefined symbol: PyType_GetFlags

环境信息 #

• R版本：

$platform
[1] "x86_64-pc-linux-gnu"
$arch
[1] "x86_64"
$os
[1] "linux-gnu"
$system
[1] "x86_64, linux-gnu"
$status
[1] ""
$major
[1] "4"
$minor
[1] "2.3"
$year
[1] "2023"
$month
[1] "03"
$day
[1] "15"
$`svn rev`
[1] "83980"
$language
[1] "R"
$version.string
[1] "R version 4.2.3 (2023-03-15)"
$nickname
[1] "Shortstop Beagle"

• Python环境：/shared/modulefiles-tools/python/miniconda-3.9

解决步骤 #

该错误源于系统同时存在Python2.7与Python3.9环境，R的reticulate包错误关联到Python2.7的库文件，可按以下方式处理：

• 明确指定R使用的Python环境
  在加载keras/tensorflow前，用reticulate绑定目标conda环境：

library(reticulate)
use_condaenv("/shared/modulefiles-tools/python/miniconda-3.9", required = TRUE)
library(keras)
library(tensorflow)

• 验证Python环境链接
  运行以下命令确认当前R关联的Python版本：

py_config()

确保输出的Python路径指向miniconda-3.9目录，而非系统默认的Python2.7。

• 清理模块加载冲突
  若之前加载过系统Python模块，先卸载再重新加载目标conda模块：

module unload python/miniconda-3.9
module load python/miniconda-3.9

之后重启R执行训练代码。

• 设置环境变量强制指定库路径
  若上述方法无效，启动R前设置环境变量，让系统优先加载conda环境的Python库：

export LD_LIBRARY_PATH=/shared/modulefiles-tools/python/miniconda-3.9/lib:$LD_LIBRARY_PATH

再启动R运行代码。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Joe94