Bokeh中HoverTool提示框无法显示样本ID问题求助

核心问题是你没把DataFrame的索引（样本ID）传入ColumnDataSource——默认情况下数据源不会自动包含索引列，所以HoverTool找不到对应字段才显示"???"。按下面步骤来：

1. 先把DataFrame索引转为普通列 #

把你的索引提取成单独的列，比如命名为sample_id：

# 假设你的DataFrame叫df，UMAP结果存在df['umap_x']和df['umap_y']里
df['sample_id'] = df.index

2. 正确构建ColumnDataSource #

确保数据源包含UMAP坐标和样本ID列：

from bokeh.models import ColumnDataSource

source = ColumnDataSource(data={
    'x': df['umap_x'],
    'y': df['umap_y'],
    'sample_id': df['sample_id']
})

3. 配置HoverTool并关联字段 #

指定HoverTool要显示的字段，注意字段名要和数据源里的完全一致：

from bokeh.models import HoverTool
from bokeh.plotting import figure, show

p = figure(title="UMAP 可视化", tools="pan,box_zoom,reset,hover")
p.circle(x='x', y='y', source=source, size=8)

# 配置HoverTool
hover = p.select_one(HoverTool)
hover.tooltips = [
    ("样本ID", "@sample_id"),
    ("UMAP坐标", "(@x, @y)")
]

show(p)

常见报错排查 #

• 如果用ColumnDataSource时报错，大概率是数据源里的字段名和绘图时引用的不一致，检查拼写和大小写
• 确保sample_id列的类型是字符串或可显示的数值类型，不要有缺失值

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Matteo