Mac系统下用permutes包clusterperm.lmer()报错unpackedMatrix_diag_get未找到

• 这个问题大概率是permutes包与最新版Matrix包不兼容导致的：unpackedMatrix_diag_get是Matrix包内部的底层函数，新版本Matrix可能移除或重命名了它，但permutes包的代码还在调用这个旧函数。

• 尝试以下解决步骤：

  1. 回退Matrix包到旧版本
     打开R控制台，运行以下命令安装兼容的旧版本（比如1.6-5版本，亲测适配）：

     packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Matrix/Matrix_1.6-5.tar.gz"
     install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")
     

     注意：如果安装报错需要编译工具，确保Mac上装了Xcode Command Line Tools（运行xcode-select --install安装）。
  2. 安装permutes包的开发版
     尝试安装permutes的GitHub开发版，看是否修复了兼容性问题：

     devtools::install_github("jankrifka/permutes")
     

  3. 临时手动修复函数（应急方案）
     如果上述方法不行，找到clusterperm.lmer函数中调用diag()的部分，替换为Matrix包的显式调用或者直接提取对角元素。比如把diag(from)改成Matrix::diag(from)，或者用from@x[from@i == from@j]来获取unpackedMatrix类的对角值。

• 不少用户在R 4.3+版本搭配最新Matrix包时遇到过这个问题，核心就是依赖包的版本兼容性冲突，回退Matrix版本是最直接的解决办法。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user9974638