STRINGdb绘图报CERT_TRUST_IS_NOT_TIME_VALID错误的解决方法求助

问题场景 #

我在学习STRINGdb用于工作时，以下代码可正常运行：

library(STRINGdb)
string_db <- STRINGdb$new( version="11.5", species=9606, 
                           score_threshold=200, network_type="full", input_directory="")
data(diff_exp_example1)
example1_mapped <- string_db$map( diff_exp_example1, "gene", removeUnmappedRows = TRUE )
hits <- example1_mapped$STRING_id[1:200]

成功生成包含基因名、Pvalue、logFC和STRING_id的数据框，并选取了前200个基因，但执行绘图代码：

string_db$plot_network(hits)

时触发以下错误：

Error in function (type, msg, asError = TRUE)  : 
  schannel: CertGetCertificateChain trust error CERT_TRUST_IS_NOT_TIME_VALID

后续相关在线操作也会触发相同错误。

解决方案 #

这个错误源于系统SSL证书链的时间有效性验证失败，常见于Windows系统，可通过以下方式解决：

• 更新系统根证书
  打开Windows更新，检查并安装所有可选更新中的证书类更新；若更新未覆盖，可手动获取对应Windows版本的根证书更新包并安装。

• 临时跳过SSL证书验证（仅测试环境使用）
  在调用绘图函数前添加以下代码，强制跳过证书验证：

  # 针对download.file的设置
  options(download.file.method = "libcurl")
  options(libcurl.followlocation = TRUE, libcurl.ssl.verifypeer = FALSE)
  
  # 若使用httr依赖，补充设置
  library(httr)
  set_config(config(ssl_verifypeer = FALSE))
  

• 切换至STRINGdb离线模式
  若已提前下载对应版本的STRING数据库文件，初始化STRINGdb时指定本地缓存目录，避免在线请求：

  string_db <- STRINGdb$new( version="11.5", species=9606, 
                             score_threshold=200, network_type="full", 
                             input_directory="./string_local_cache" )
  

  确保指定目录下存在对应版本的STRING数据文件。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Pavel Hronek