如何在R中加载OWL本体？BERT Map算法匹配遇rdflib报错

我需要用BERT Map算法查找列表中的值是否存在于指定本体，第一步得加载本体，但ChatGPT生成的示例代码里，rdflib包并没有Graph()命令，代码如下：

install.packages(c("textTinyR", "rdflib"))
library(textTinyR)
library(rdflib)
uco_ontology <- "C:/Users/User/Desktop/uco_1_5.owl"  # 替换为你的UCO本体文件路径
graph <- rdflib::Graph()
rdflib::parse(graph, file = uco_ontology)

以下是两种在R中加载OWL本体的可行方法：

方法一：修正rdflib包的用法 #

R版本的rdflib与Python版本的API不同，创建RDF图需使用rdflib::rdf()函数，解析本体的正确代码如下：

# 安装并加载包
install.packages("rdflib")
library(rdflib)

# 定义本体文件路径
uco_ontology <- "C:/Users/User/Desktop/uco_1_5.owl"

# 创建RDF图并解析OWL文件
rdf_graph <- rdf()
rdf_parse(rdf_graph, file = uco_ontology, format = "xml")

# 验证加载结果：查看图中的三元组数量
cat("加载的三元组数量：", rdf_nrow(rdf_graph), "\n")

方法二：使用ontologyIndex包（更适合本体操作） #

ontologyIndex包专门用于处理OWL和OBO本体，加载后可直接访问本体的类、属性、层级关系等，更便于后续的BERT Map匹配操作：

# 安装并加载包
install.packages("ontologyIndex")
library(ontologyIndex)

# 加载OWL本体
uco_ontology <- "C:/Users/User/Desktop/uco_1_5.owl"
ontology <- get_ontology(uco_ontology)

# 验证加载结果：查看本体中的类数量
cat("本体中的类数量：", length(ontology$classes), "\n")
# 查看部分类名称
head(names(ontology$classes))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Eleni Kalaitzi