对数刻度绘图中扩展Y轴添加内边距以避免底部点被裁剪

当使用scale_y_log10(limits=c(0.01, NA))时，由于log10(0)无意义，且ggplot默认的超出范围（oob）处理逻辑会删除所有y≤0.01的点，导致原始数据中的0值点被裁剪。以下是三种可行的解决办法：

方案一：修改0值为小正数+使用squish函数 #

将原始数据中的0替换为略低于y轴下限的小数值，再用scales::squish将超出范围的点压缩到轴边界，既能保留点的显示，又不破坏对数刻度的整体效果：

require(data.table)
require(ggplot2)
require(scales)

dt1 <- data.table(time=c(0,31,150,230,300), value=c(2,0.2,0,0,10))
dt1[, result:=ifelse(value>0,'POSITIVE','NEGATIVE')]
# 替换0为0.005（略低于下限0.01）
dt1[, value := ifelse(value == 0, 0.005, value)]

p1 <- ggplot(dt1, aes(x=time, y=value, fill=result, group=1)) + 
  geom_line() +
  geom_point(size=3, shape=21) +
  scale_fill_manual(values = c('white','black')) +
  scale_y_log10(limits=c(0.01, NA), oob=squish)
print(p1)

方案二：使用伪对数变换（pseudo_log） #

伪对数变换在数值接近0时采用线性变换，远离0时切换为对数变换，天然支持0值，无需修改原始数据：

require(data.table)
require(ggplot2)

dt1 <- data.table(time=c(0,31,150,230,300), value=c(2,0.2,0,0,10))
dt1[, result:=ifelse(value>0,'POSITIVE','NEGATIVE')]

p1 <- ggplot(dt1, aes(x=time, y=value, fill=result, group=1)) + 
  geom_line() +
  geom_point(size=3, shape=21) +
  scale_fill_manual(values = c('white','black')) +
  scale_y_continuous(trans='pseudo_log', limits=c(0.01, NA))
print(p1)

方案三：自定义OOB函数 #

如果不想修改原始数据，可以自定义超出范围的处理函数，将低于下限的点强制设置为下限值，从而保留点的显示：

require(data.table)
require(ggplot2)

dt1 <- data.table(time=c(0,31,150,230,300), value=c(2,0.2,0,0,10))
dt1[, result:=ifelse(value>0,'POSITIVE','NEGATIVE')]

p1 <- ggplot(dt1, aes(x=time, y=value, fill=result, group=1)) + 
  geom_line() +
  geom_point(size=3, shape=21) +
  scale_fill_manual(values = c('white','black')) +
  scale_y_log10(limits=c(0.01, NA), 
                oob=function(x, limits) pmax(pmin(x, limits[2]), limits[1]))
print(p1)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Vasily A