ComplexHeatmap使用column_split时column_order被忽略问题求助

我需要制作满足以下要求的热图：

• 无列聚类
• 样本按指定的非字母顺序分组
• 组间存在间隙

但实际遇到的问题是：添加组间隙（使用column_split）时，预先指定的column_order会被忽略，样本默认按字母顺序排列。

最小可复现示例（MWE） #

以下基于iris数据集演示问题：

1. 数据准备 #

data(iris)
my_setosa=subset(iris, Species=="setosa")
my_virginica=subset(iris, Species=="virginica")
set.seed(123)
rows_used1 <- sort(sample(1:nrow(my_setosa), 5, replace = F))
rows_used2 <- sort(sample(1:nrow(my_virginica), 5, replace = F))
my_iris=rbind(my_setosa[rows_used1,], my_virginica[rows_used2,])

heat_mat=t(as.matrix(my_iris[,-ncol(my_iris)]))
meta_df=data.frame(ID=paste0("id",rownames(my_iris)), Species=my_iris[,ncol(my_iris)])
meta_df$Species=droplevels(meta_df$Species)
colnames(heat_mat)=meta_df$ID

生成的数据如下：

> heat_mat
             id3 id14 id15 id31 id42 id114 id125 id137 id143 id150
Sepal.Length 4.7  4.3  5.8  4.8  4.5   5.7   6.7   6.3   5.8   5.9
Sepal.Width  3.2  3.0  4.0  3.1  2.3   2.5   3.3   3.4   2.7   3.0
Petal.Length 1.3  1.1  1.2  1.6  1.3   5.0   5.7   5.6   5.1   5.1
Petal.Width  0.2  0.1  0.2  0.2  0.3   2.0   2.1   2.4   1.9   1.8
> meta_df
      ID   Species
1    id3    setosa
2   id14    setosa
3   id15    setosa
4   id31    setosa
5   id42    setosa
6  id114 virginica
7  id125 virginica
8  id137 virginica
9  id143 virginica
10 id150 virginica

2. 定义热图配置 #

palette=grDevices::colorRampPalette(c("green","black","red"))(11)
col_vec=c("red","blue")
col_vec=stats::setNames(col_vec, levels(meta_df$Species))
column_ha <- ComplexHeatmap::HeatmapAnnotation(
               Species = meta_df$Species,
               col = list(Species = col_vec),
               show_legend = TRUE)
column_order=meta_df[order(meta_df$Species, decreasing=T),]$ID
column_split <- meta_df$Species

这里指定的列顺序要求virginica组在左侧，setosa组在右侧：

> column_order
 [1] "id114" "id125" "id137" "id143" "id150" "id3"   "id14"  "id15"  "id31"
[10] "id42"

3. 无column_split的热图（符合预期） #

complex_heat <- ComplexHeatmap::Heatmap(heat_mat, cluster_rows = FALSE, cluster_columns = FALSE,
                                        row_dend_width = grid::unit(2, "inch"),
                                        rect_gp = grid::gpar(col = "white", lwd = 2),
                                        col = palette,
                                        top_annotation = column_ha,
                                        column_order = column_order,
                                        #column_split = column_split,
                                        column_gap = grid::unit(0.1, "inch"),
                                        border = TRUE)
grDevices::png(filename="heatmap.png", height=400, width=600)
ComplexHeatmap::draw(complex_heat)
grDevices::dev.off()

此时热图符合预期：样本按指定顺序排列，virginica（蓝色）在左侧，setosa（红色）在右侧。

4. 加入column_split后的问题 #

取消column_split行的注释后，预期仅在组间增加间隙，但实际column_order被完全忽略，setosa样本出现在左侧。尝试设置column_split=rev(column_split)，但会导致样本分组混乱。

求助 #

希望有人能提供解决思路，或判断这是否为ComplexHeatmap包的bug？

内容的提问来源于stack exchange，提问作者DaniCee