NRRD文件多切片体绘制加载问题排查

原文件内容 #

NRRD0004
# Complete NRRD file format specification at:
# http://teem.sourceforge.net/nrrd/format.html
type: short
dimension: 3
space: left-posterior-superior
sizes: 272 272 9
space directions: (0.59, 0.0, 0.0) (0.0, 0.59, 0.0) (0.0, 0.0, 2.5)
kinds: domain domain domain
endian: little
encoding: raw
space origin: (0.0, 0.0, 0.0)
byte skip: 1609
data file:  I0023679.M01 
I0023679.M02 
I0023679.M03 
I0023679.M04 
I0023679.M05 
I0023679.M06 
I0023679.M07 
I0023679.M08 
I0023679.M09 

核心问题 #

• 多数据文件的格式违反NRRD规范：NRRD要求多个数据文件必须在data file:这一行内用空格（或逗号）分隔，而非每行单独列出。当前写法会让加载器无法识别后续行属于数据文件列表，仅尝试加载第一个文件，无法组合成9切片的3D体数据。
• byte skip的作用无法正常生效：虽然全局byte skip: 1609设置本身如果对应每个切片文件开头的冗余字节是合理的，但由于第一个问题导致加载器无法识别所有数据文件，该设置在多切片加载场景下无法发挥作用。

修复方案 #

1. 将所有数据文件名合并到data file:所在行，用空格分隔：

data file: I0023679.M01 I0023679.M02 I0023679.M03 I0023679.M04 I0023679.M05 I0023679.M06 I0023679.M07 I0023679.M08 I0023679.M09

2. 确认每个切片文件开头确实都有1609字节需要跳过，若不同文件的跳过字节数有差异，需改用per-file byte skip格式，即按文件顺序列出对应跳过字节数：byte skip: 1609 1609 ...（共9个数值）。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ricardo Capozza