使用SeSAMe R包分析小鼠DNA甲基化时出现“Ambiguous platform”错误的原因

问题背景 #

使用SeSAMe处理Illumina Infinium Mouse Methylation Array（MM285平台）数据时，执行inferSpecies()函数触发以下报错：

Error in inferPlatformFromProbeIDs(sdf$Probe_ID, silent = !verbose) :
Ambiguous platform. Please provide platform explicitly.

IDAT文件由SciLifeLab提供，未修改，且已通过minfi验证文件无异常。已尝试：

• 在openSesame()中显式指定platform = "MM285"生成sigDF
• 用updateSigDF()指定species="mus_musculus"
  以上操作均未解决问题。

解决方案 #

1. 直接给inferSpecies()传入平台参数 #

inferSpecies()内部会独立调用inferPlatformFromProbeIDs()推断平台，不受openSesame()中指定的平台影响。需在调用时显式声明平台：

inferSpecies(sdfs, return.species = TRUE, platform = "MM285")

2. 确认MM285平台注释数据已安装 #

SeSAMe依赖SesameData包提供的芯片注释，若缺少MM285的注释，会导致平台推断失败。检查并安装对应数据：

# 列出已安装的注释数据
SesameData::listData()
# 若未找到MM285相关条目，执行安装
SesameData::installData("MM285")

安装完成后重新生成sigDF并运行inferSpecies()。

3. 手动绑定物种注释（绕过平台推断） #

如果前两种方法无效，可直接跳过inferSpecies()，手动加载MM285的小鼠注释并合并到sigDF：

# 加载MM285对应mm10参考基因组的注释
mm285_manifest <- SesameData::getManifest("MM285.mm10")
# 合并注释到sigDF
sdf_with_annot <- merge(sdfs, mm285_manifest, by = "Probe_ID", all.x = TRUE)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Klara