如何基于edge.length使用phytools为系统发育树分支分状态着色

要实现按分支长度（比如以0.7为界限）给分支中间部分着色，你可以借助phytools包的splitEdge()函数先拆分目标分支，再用paintBranches()为拆分后的片段单独着色，具体步骤如下：

步骤1：加载包并生成示例树 #

library(ape)
library(phytools)

# 生成示例树
tree <- rtree(4)
# 查看分支ID和对应长度，确认目标分支（比如这里用edge=4）
print(tree$edge)
print(tree$edge.length)

步骤2：拆分目标分支 #

使用splitEdge()将目标分支在指定长度位置拆分为两段。这里以edge=4为例，拆分点距离祖先节点0.7的位置：

# 拆分分支：参数split为距离祖先节点的长度
split_tree <- splitEdge(tree, edge=4, split=0.7)

注意：split的数值必须小于目标分支的原始长度，否则会触发警告。

步骤3：为拆分后的片段着色 #

拆分后，原分支会被拆分为两条新分支，你可以为其中一段设置着色状态：

# 查看拆分后的分支列表，找到新增的分支（通常是最后一条edge）
print(split_tree$edge)

# 为拆分后的后半段分支设置状态"1"，其余保持默认状态"0"
split_tree_painted <- paintBranches(split_tree, edge=nrow(split_tree$edge), state="1", anc.state="0")

# 绘制着色后的树，指定颜色对应关系
plotSimmap(split_tree_painted, lwd=4, colors=c("black", "red"))

这样就能实现仅让目标分支的指定长度片段变为红色的需求。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Carlo Meloni