如何在Snakemake的HPC环境中逐个运行单样本内存密集型脚本？

针对你的需求，只需对call_script规则做简单配置，就能让它逐个处理样本，同时不影响其他规则的并行运行，以下是几种可行方案：

方案1：使用共享资源限制（推荐） #

通过定义自定义共享资源，让call_script规则每次只能占用1个该资源，从而实现串行执行。

修改规则代码： #

在call_script规则中添加resources字段：

rule call_script:
    input:
        R1=join(RESULTSDIR,"out_trim","{sample}_trim.R1.fastq.gz"),
        R2=join(RESULTSDIR,"out_trim","{sample}_trim.R2.fastq.gz"), 
    params: 
        # 保留你的参数配置
    output: 
        hic=join(RESULTSDIR,'out',"{sample}","aligned/inter.hic"),
    resources:
        mem_intensive=1  # 定义自定义资源，每个任务占用1个
    shell:
        # 你的脚本调用命令

运行Snakemake时指定资源上限： #

执行流程时，通过--resources参数限制该资源的总可用量为1：

snakemake --resources mem_intensive=1 --jobs <其他规则的并行数>

比如你想让fastqc最多并行8个任务，就用--jobs 8 --resources mem_intensive=1，这样fastqc可以并行跑8个，而call_script只能逐个执行。

方案2：使用规则分组（Group） #

把call_script的所有样本任务归为一个组，设置组的最大并行任务数为1。

修改规则代码： #

rule call_script:
    input:
        R1=join(RESULTSDIR,"out_trim","{sample}_trim.R1.fastq.gz"),
        R2=join(RESULTSDIR,"out_trim","{sample}_trim.R2.fastq.gz"), 
    params: 
        # 保留你的参数配置
    output: 
        hic=join(RESULTSDIR,'out',"{sample}","aligned/inter.hic"),
    group: "mem_intensive_group"  # 分组名称
    group_properties:
        max_jobs=1  # 组内最大并行任务数
    shell:
        # 你的脚本调用命令

运行流程： #

直接正常运行即可，无需额外参数，Snakemake会自动限制该组的任务只能串行执行：

snakemake --jobs <其他规则的并行数>

方案3：运行时指定单规则最大任务数 #

如果只是临时需求，可以在运行时直接指定call_script规则的最大并行任务数为1：

snakemake --jobs <其他规则的并行数> --max-jobs-per-rule call_script=1

这种方法无需修改规则代码，适合临时调整，但如果有多个规则需要限制时不如前两种灵活。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者kay