如何将ggplot中的误差棒图层置于散点图层下方？

当然可以做到，核心是利用ggplot图层堆叠顺序的特性：代码里先添加的图层会显示在下方，后添加的会覆盖在上方。你原来的代码里geom_errorbar是最后添加的，所以会跑到散点上面，只需要调整它的位置，把它放在geom_point之前就行。

修改后的完整代码：

# 生成模拟数据集，包含x、value、SE和variable列
data <- data.frame(
  x = rep(1:5, 3),
  value = c(2,4,NA,6,2,3,5,4,3,6,9,7,4,3,5),
  SE = c(0.2,0.3,0.2,0.3,0.2, 0.2,0.3,0.2,0.3,0.2,0.2,0.3,0.2,0.3,0.2),
  variable = rep(paste0('series', 1:3), each=5)
)

# 绘图：调整图层顺序，让误差棒在散点下方
ggplot(data = data, aes(x=x, y=value, group = variable)) + 
  geom_line(colour = "black") + 
  # 把误差棒移到散点前面，这样散点会覆盖它
  geom_errorbar(aes(ymin=value-SE, ymax=value+SE), colour="black", width=.2) +
  geom_point(aes(shape=variable, color=variable, fill = variable), size=2) +
  scale_shape_manual(values=c(21, 22, 23))+
  scale_color_manual(values=c('black','black', 'black'))+
  scale_fill_manual(values= c('#999999','#E69F00', '#56B4E9')) +
  theme_classic() + 
  theme(
    panel.border = element_rect(colour = "black", fill=NA, size=1), 
    legend.justification=c(1,1), 
    legend.position=c(1,1)
  ) + 
  geom_vline(xintercept=3, linetype="dotted")

这样调整后，误差棒就会显示在散点的后方，不会再穿过带颜色的标记点了。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者confusedindividual