使用ggplot2绘制箱线图时，如何保留因子的所有水平（含已过滤类别）

核心问题是：过滤掉setosa后，Species的因子水平被自动删减，只剩versicolor和virginica，所以x轴不会显示setosa。要保留x轴位置，只要让Species的因子水平保持原始的三个，或者在ggplot里强制指定x轴刻度范围即可。

方法一：保留因子的所有原始水平 #

在过滤后，重新把Species设置为包含三个原始水平的因子，即使没有setosa的数据，因子水平依然存在，x轴就会保留该位置：

library(tidyverse)

iris %>%
  filter(Species != "setosa") %>%
  # 重新指定因子水平为原始的三个
  mutate(Species = factor(Species, levels = levels(iris$Species))) %>%
  ggplot(aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species)) +
  geom_boxplot()

方法二：在ggplot中强制指定x轴刻度范围 #

直接在scale_x_discrete里设置limits为原始的三个物种名称，不管数据里有没有对应值，x轴都会显示这些刻度：

library(tidyverse)

iris %>%
  filter(Species != "setosa") %>%
  ggplot(aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species)) +
  geom_boxplot() +
  # 指定x轴刻度为所有原始物种
  scale_x_discrete(limits = levels(iris$Species))

两种方法都能实现需求：x轴保留setosa的位置，同时只显示另外两个物种的箱线图。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Basil