Apple Silicon环境下基于micromamba的Docker构建卡在Transaction starting步骤

问题背景 #

我用M2处理器的MacBook Pro构建Docker镜像，之前在Intel Mac上多次成功构建。目前试过两种方式：

• 通过Rosetta模拟Intel运行iTerm2（arch命令显示i386）
• 直接用原生arm64环境（arch命令显示arm64）

构建命令：

docker build --build-arg ENV_NAME=${ENV_NAME} -t ${TAG} -f Dockerfile ../../

Dockerfile内容：

# v2024.3.10
# =================================
FROM --platform=linux/amd64 mambaorg/micromamba:latest

ARG ENV_NAME

SHELL ["/usr/local/bin/_dockerfile_shell.sh"]

WORKDIR /tmp/

# Data
USER root
RUN mkdir -p /volumes/
RUN mkdir -p /volumes/input
RUN mkdir -p /volumes/output
RUN mkdir -p /volumes/database

# Retrieve VEBA repository
RUN mkdir -p veba/
USER $MAMBA_USER
COPY --chown=$MAMBA_USER:$MAMBA_USER ./install/ veba/install/
COPY --chown=$MAMBA_USER:$MAMBA_USER ./bin/ veba/bin/
COPY --chown=$MAMBA_USER:$MAMBA_USER ./VERSION veba/VERSION
COPY --chown=$MAMBA_USER:$MAMBA_USER ./LICENSE veba/LICENSE

# Fix: 
# critical libmamba Download error (28) Timeout was reached
# [https://conda.anaconda.org/bioconda/linux-64/blast-2.13.0-hf3cf87c_0.tar.bz2]
# Operation too slow. Less than 30 bytes/sec transferred the last 60 seconds

ARG MAMBA_NO_LOW_SPEED_LIMIT=1

# Build .condarc
RUN echo "channel_priority: flexible" >> ~/.condarc
RUN echo "channels:" >> ~/.condarc
RUN echo "  - conda-forge" >> ~/.condarc
RUN echo "  - bioconda" >> ~/.condarc
RUN echo "  - jolespin" >> ~/.condarc

# Install dependencies
RUN micromamba install -y -n base -f veba/install/environments/${ENV_NAME}.yml && \
    micromamba clean -a -y -f

# Add environment scripts to environment bin
RUN cp -rf veba/bin/* /opt/conda/bin/ && \
    ln -sf /opt/conda/bin/scripts/*.py /opt/conda/bin/ && \
    ln -sf /opt/conda/bin/scripts/*.r /opt/conda/bin/

ENTRYPOINT ["/usr/local/bin/_entrypoint.sh"]

奇怪的是昨晚还能成功构建对应VEBA-annotate_env.yml的镜像，现在不行了。需要构建的镜像依赖的yaml文件都在VEBA项目的install/environments目录下。

求问：如何在Apple Silicon上成功构建这些Docker镜像？

解决方案 #

1. 开启Docker跨平台构建支持 #

Apple Silicon上构建amd64镜像需要Docker的BuildKit和Rosetta模拟支持：

• 打开Docker Desktop设置，勾选"Use the new Virtualization framework"和"Enable Rosetta for x86/amd64 emulation on Apple Silicon"
• 启用buildx工具：

  docker buildx create --use
  

2. 调整构建命令 #

用buildx显式指定平台构建，替换原来的命令：

docker buildx build --platform=linux/amd64 --build-arg ENV_NAME=${ENV_NAME} -t ${TAG} -f Dockerfile ../../ --load

--load参数会把构建好的amd64镜像加载到本地Docker仓库，方便直接运行。

3. 解决conda下载超时问题 #

大概率是源的网络问题，试试这些调整：

• 在Dockerfile的.condarc配置中添加超时参数：

  RUN echo "remote_read_timeout_secs: 120" >> ~/.condarc
  RUN echo "remote_connect_timeout_secs: 30" >> ~/.condarc
  

• 切换到国内镜像源（比如清华），替换原来的channels配置：

  RUN echo "channel_priority: flexible" >> ~/.condarc
  RUN echo "channels:" >> ~/.condarc
  RUN echo "  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/" >> ~/.condarc
  RUN echo "  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/" >> ~/.condarc
  RUN echo "  - jolespin" >> ~/.condarc
  RUN echo "default_channels:" >> ~/.condarc
  RUN echo "  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/" >> ~/.condarc
  RUN echo "  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/" >> ~/.condarc
  RUN echo "  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2/" >> ~/.condarc
  

• 清理Docker缓存，避免之前失败的缓存干扰：

  docker builder prune -af
  

4. 检查Dockerfile权限与路径 #

• 确认$MAMBA_USER在基础镜像中存在，避免复制文件时的权限错误
• 验证构建命令中的../../是否正确指向VEBA项目根目录，确保COPY的文件能被找到

5. 尝试原生arm64构建（可选） #

如果VEBA的依赖有arm64版本，可以去掉Dockerfile中--platform=linux/amd64，构建原生arm64镜像：

FROM mambaorg/micromamba:latest

但如果部分依赖只有amd64版本，还是得回到amd64模拟构建。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者O.rka