使用BioPython修改PDB文件后，如何去除保存时新增的TER行？

在使用BioPython处理PDB文件（平移SER残基X方向5.5Å）后，保存的新文件中自动生成了多余的TER行，可通过自定义选择器类过滤掉TER记录，具体实现如下：

原因说明 #

BioPython的PDBIO默认会在不同残基之间插入TER行（表示残基链的终止），但原PDB文件中无该行，因此需要自定义规则阻止其生成。

修改后的代码 #

from Bio.PDB import PDBParser, PDBIO, Select

class NoTERSelect(Select):
    def accept_chain(self, chain):
        return True
    
    def accept_residue(self, residue):
        return True
    
    def accept_atom(self, atom):
        return True
    
    def write_termination(self, file):
        # 重写方法，跳过TER行写入
        pass

def translate_atoms(structure, resname, translation_vector):
    for model in structure:
        for chain in model:
            for residue in chain:
                if residue.resname == resname:
                    for atom in residue:
                        atom.coord += translation_vector

pdb_file = "pdb1.pdb"
# 读取PDB文件
pdb_parser = PDBParser(QUIET=True)
structure = pdb_parser.get_structure("original_pdb1", pdb_file)

# X方向平移向量（5.5Å）
translation_vector = [5.5, 0, 0]

# 平移SER残基的所有原子
translate_atoms(structure, "SER", translation_vector)

# 写入修改后的PDB文件
output_pdb = "modified_pdb1.pdb"
pdb_io = PDBIO()
pdb_io.set_structure(structure)
# 传入自定义选择器跳过TER行
pdb_io.save(output_pdb, select=NoTERSelect())

关键改动 #

1. 定义NoTERSelect类继承自Select，重写write_termination方法使其不执行任何写入操作，从而跳过TER行生成。
2. 调用pdb_io.save()时，通过select参数传入自定义选择器实例。

处理后保存的PDB文件将不再包含多余TER行，仅保留原文件结构并完成SER残基的坐标修改。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Irene Ferfoglia