含NA的分类学层级数据框如何生成igraph可用的边数据框？

步骤1：预处理数据（统一缺失值格式） #

首先将数据中的空字符串转换为NA，方便后续统一处理缺失值：

library(tidyverse)

# 替换空字符串为NA，统一缺失值格式
object_taxonomy_clean <- object_taxonomy %>%
  mutate(across(everything(), ~na_if(., "")))

步骤2：逐行生成层级边对 #

对每一行的分类层级，提取非缺失值组成完整路径，再生成相邻层级的From-To边对：

# 生成边数据框
edges <- object_taxonomy_clean %>%
  rowwise() %>%
  # 提取当前行非NA的分类层级，按列顺序组成路径
  mutate(taxon_path = list(na.omit(c_across(everything())))) %>%
  # 为路径中的相邻层级生成From-To配对
  mutate(edge_pairs = list(map2(taxon_path[-length(taxon_path)], taxon_path[-1], 
                                ~tibble(From = .x, To = .y)))) %>%
  # 展开所有边对
  unnest(edge_pairs) %>%
  # 仅保留From和To列
  select(From, To) %>%
  # 可选：去重重复边（如果需要唯一的层级关系，可保留此步；若需保留所有行的重复路径，可删除此步）
  distinct()

结果验证 #

运行上述代码后，edges数据框的格式与你期望的一致。例如查看部分结果：

# 查看前10条边
head(edges, 10)

输出示例：

# A tibble: 10 × 2
   From         To           
   <chr>        <chr>        
 1 Insecta      Hymenoptera  
 2 Hymenoptera  Chalcidoidea 
 3 Chalcidoidea Azotidae     
 4 Azotidae     Ablerus      
 5 Ablerus      Ablerus celsus
 6 Insecta      Hemiptera    
 7 Hemiptera    Coccoidea    
 8 Coccoidea    Diaspididae  
 9 Diaspididae  Chionaspis   
10 Chionaspis   Chionaspis salicis

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Enrico Gabrielli