使用R语言stpm2包绘制风险比图：tvc参数设置疑问

首先明确：stpm2的tvc参数用于指定哪些协变量的系数随时间变化，格式为列表，键是协变量名称，值为该协变量时变系数的样条自由度（或与全局df一致的设置）。

针对你的0/1分类用药变量typeofmed，要绘制随时间变化的风险比（HR），必须让typeofmed的系数随时间变化，因此tvc参数应按如下设置：

tvc = list(typeofmed = 4)

这里的4和你设置的全局df=4保持一致，即用4个自由度的样条拟合typeofmed的时变系数。如果想直接沿用全局df，也可以简化写为：

tvc = list(typeofmed = TRUE)

完整修正后的代码 #

# 拟合时变系数模型
fpmh <- stpm2(Surv(time, event) ~ typeofmed,
        data = cancer, tvc = list(typeofmed = 4),
        df = 4)
summary(fpmh)

# 准备绘图数据（确保typeofmed为因子类型）
med <- levels(factor(cancer$typeofmed))
newdata1 <- data.frame(typeofmed = med[1])

# 绘制组1的风险函数
plot(fpmh, newdata = newdata1, xlab = "Time since diagnosis (years)", 
     type = "haz")

# 绘制随时间变化的风险比（typeofmed=1 vs typeofmed=0）
plot(fpmh, newdata = newdata1, xlab = "Time since diagnosis (years)",
     type = "hr", var = "typeofmed", ci = FALSE, ylim = c(0,6))

关键说明 #

• 只有在tvc中包含typeofmed时，模型才会拟合随时间变化的系数，进而得到时变风险比；如果不设置tvc，模型会输出固定系数，HR为常数，绘图会是一条水平直线。
• 建议提前将typeofmed转换为因子类型，避免levels()无法正确识别分组。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user23634522