Python 3.7导入fitsio 1.2.1报错：undefined symbol: fits_use_standard_strings

问题描述 #

在Python 3.7.0环境中导入fitsio 1.2.1时，触发以下ImportError：

/home/apc44/anaconda3/envs/pylab_py37/lib/python3.7/site-packages/fitsio/_fitsio_wrap.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: fits_use_standard_strings

已尝试更换fitsio及Python版本，问题仍未解决。

解决思路 #

• 检查CFITSIO版本匹配性
  fits_use_standard_strings是CFITSIO库的函数，错误说明fitsio编译依赖的CFITSIO版本与当前环境加载的版本不兼容，或当前CFITSIO版本过低。执行以下命令查看版本：

  fitsinfo --version
  # 或使用
  cfitsio-config --version
  

  确保CFITSIO版本不低于3.47（该函数在较新版本中新增）。

• 从源码编译安装fitsio
  放弃预编译wheel包，手动编译确保链接正确的CFITSIO库：

  1. 卸载现有fitsio：

     pip uninstall -y fitsio
     

  2. 克隆源码并编译安装（若CFITSIO路径特殊，需指定--cfitsio参数）：

     git clone https://github.com/esheldon/fitsio.git
     cd fitsio
     python setup.py install --cfitsio=/path/to/your/cfitsio
     

     或直接通过pip从源码安装：

     pip install git+https://github.com/esheldon/fitsio.git
     

• 排查conda环境依赖冲突
  若使用conda环境，可能是conda安装的CFITSIO与pip安装的fitsio不兼容：

  1. 尝试用conda安装fitsio：

     conda install -c conda-forge fitsio
     

  2. 或卸载conda环境中的CFITSIO后，重新用pip安装fitsio：

     conda uninstall -y cfitsio
     pip install fitsio --no-cache-dir
     

• 修正库加载路径
  确保系统加载的CFITSIO库是fitsio编译时依赖的版本：

  1. 查看当前LD_LIBRARY_PATH：

     echo $LD_LIBRARY_PATH
     

  2. 将正确的CFITSIO库路径添加到环境变量：

     export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/cfitsio/lib:$LD_LIBRARY_PATH
     

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user23669209