求助：ComplexHeatmap无法复现k-means行聚类顺序问题

核心问题分析 #

ComplexHeatmap的kmeans_rows参数仅返回聚类分组标签，不会直接输出热图最终的行排序索引——热图里的行顺序是先按聚类分组，再在组内默认执行层次聚类。如果只把聚类标签传给第二个热图，组内的行顺序会因重新聚类而改变，导致整体行顺序无法复现。

具体解决步骤 #

1. 提取第一个热图的完整行排序索引
   生成第一个热图后，通过Heatmap对象的row_order属性获取热图实际显示的行排列顺序，这才是需要复用的核心信息，而非单纯的k-means聚类标签。
   示例代码：

library(ComplexHeatmap)

# 生成第一个矩阵与热图
mat1 <- matrix(rnorm(100), nrow = 10)
rownames(mat1) <- paste0("row", 1:10)
ht1 <- Heatmap(mat1, kmeans_rows = 3)
draw(ht1)

# 提取第一个热图的行顺序
row_order <- row_order(ht1)

2. 在第二个热图中禁用行聚类并手动指定顺序
   对第二个矩阵生成热图时，必须关闭默认的行聚类（cluster_rows = FALSE），再通过row_order参数传入第一步提取的行顺序。同时要确保两个矩阵的行名完全一致，否则索引匹配会失效。
   示例代码：

# 生成第二个矩阵（行名需与mat1完全一致）
mat2 <- matrix(rnorm(100), nrow = 10)
rownames(mat2) <- rownames(mat1)

# 复用行顺序生成第二个热图
ht2 <- Heatmap(mat2, cluster_rows = FALSE, row_order = row_order)
draw(ht2)

3. 验证行名一致性
   若两个矩阵行名不匹配，手动指定的行顺序会失效。可通过以下代码检查：

all(rownames(mat1) == rownames(mat2))

若返回FALSE，需先统一两个矩阵的行名，比如重新设置行名或按行名对齐矩阵。

4. 保留分组同时复用行顺序（可选）
   如果需要第二个热图保留k-means分组结构，同时组内行顺序与第一个热图一致，可提取聚类标签后结合split参数使用：

# 提取第一个热图的k-means聚类标签
kmeans_labels <- row_split(ht1)

# 生成带分组且复用行顺序的热图
ht2 <- Heatmap(mat2, cluster_rows = FALSE, row_order = row_order, split = kmeans_labels)
draw(ht2)

常见误区 #

• 仅传递k-means聚类标签（row_split）而不指定row_order：组内会重新执行层次聚类，导致行顺序变化。
• 未关闭cluster_rows = FALSE：默认的行聚类会覆盖手动指定的顺序。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Minky J