R语言Cox PH模型绘制生存曲线时colMeans报错求助
Cox比例风险模型绘制校正生存曲线报错排查
我在R语言中基于Cox比例风险(Cox PH)模型绘制校正生存曲线,因涉及多状态模型,构建了newdata_LNI数据集以固定其他协变量,仅保留LNI_Binary的不同水平。
模型构建代码
Final_Cox_Model <- coxph(SurvObj ~ PreTxPSA + PathGGS + LNI_Binary + SVI_Binary, data = Cox_PH_Data, id = Cox_PH_Data$`Sample ID`)
SurvObj通过Surv(time = Cox_PH_Data$BCR_FreeTime, event = Cox_PH_Data$BCR_Event_New)正确构建,所有变量的类型与水平均匹配。
报错情况
运行以下代码时持续报错:
adjusted_survival_curve_LNI <- survfit(Final_Cox_Model, newdata = newdata_LNI)
错误信息:
Error in colMeans(hazard) : 'x' must be an array of at least two dimensions
此前更新RStudio后代码曾正常运行,目前问题无法解决,已提供数据集前20行的dput结果。
newdata_LNI构建代码
newdata_LNI <- data.frame( PathGGS = rep("7",3), PreTxPSA = rep(median(Cox_PH_Data$PreTxPSA)), SVI_Binary = rep("0", 3), LNI_Binary = rep(levels(Cox_PH_Data$LNI_Binary)))
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Kevin Clifford
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