TCGAbiolinks包报错：'GDCquery_Maf'非导出对象求解决方案

已安装sesame和TCGAbiolinks包，但运行代码时触发以下错误：

Error: 'GDCquery_Maf' is not an exported object from 'namespace:TCGAbiolinks'

相关代码：

options(stringsAsFactors = F)
library(TCGAbiolinks)
library(SummarizedExperiment)
library(limma)
library(biomaRt)
library(TCGAbiolinks)
library(sesame)

mty_assay <- as.data.frame(assay(data_mty)) # DNA甲基化矩阵
mty_colData <- as.data.frame(colData(data_mty)) # 患者注释信息(475例患者)

filename <- paste0("./data/tcga_data/", cancer_type, "_mty_colData.RData")

saveRDS(mty_colData, filename)

mty_rowRanges <- as.data.frame(rowRanges(data_mty)) # cg探针注释信息

#### 收集基因突变数据
# maf <- GDCquery_Maf("SKCM", pipelines = "muse") # 突变注释信息
maf <- TCGAbiolinks::GDCquery_Maf(cancer_type, pipelines = "muse") # 此处触发错误

• 更新TCGAbiolinks到最新版本
  这个错误大多是因为包版本过旧，GDCquery_Maf是较新版本才加入的函数。先查看当前版本：

  packageVersion("TCGAbiolinks")
  

  如果版本低于2.20.0，用BiocManager更新：

  if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
      install.packages("BiocManager")
  BiocManager::install("TCGAbiolinks", update = TRUE)
  

  更新后重启R会话再尝试。

• 用替代方法获取MAF数据
  如果更新后还是找不到该函数，可能是函数被重命名或移除了。可以用基础的GDCquery+GDCprepare流程替代：

  # 构建查询
  query <- GDCquery(
    project = paste0("TCGA-", cancer_type),
    data.category = "Simple Nucleotide Variation",
    data.type = "Masked Somatic Mutation",
    workflow.type = "MuSE Variant Aggregation and Masking" # 对应muse流程
  )
  # 下载数据
  GDCdownload(query)
  # 整理成MAF格式
  maf <- GDCprepare(query)
  

• 重新安装TCGAbiolinks
  如果更新无效，可能是安装不完整。先卸载再重装：

  remove.packages("TCGAbiolinks")
  BiocManager::install("TCGAbiolinks", dependencies = TRUE)
  

  安装完成后一定要重启R，再加载包测试。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lance Zhang