首先，你的报错原因很明确：你把scale_x_discrete()当作ggboxplot()的参数直接传入了，但它本质是ggplot2的图层调整函数，需要用+符号和主绘图对象连接，而不是作为ggboxplot的参数列表内容。这就导致函数内部的逻辑判断（比如!is.null(facet.by) | combine）接收到了非预期的参数类型，从而抛出错误。

当然是可以修改ggboxplot的X轴刻度标签的，只需要调整代码结构，把图层函数用+追加在绘图函数后面即可。正确的代码如下：

# 先生成基础箱线图，移除参数列表里的scale_x_discrete
ggboxplot(inf, 
          x = "DiseaseStatus", 
          y = "log.IL-1RA", 
          color = "DiseaseStatus", 
          palette = c("#00AFBB", "#E7B800"), 
          ylim = c(-2,8), 
          order = c("Progressive", "Stable"), 
          main = "IL-1RA", 
          ylab = "log lab value", 
          xlab = "DiseaseStatus") +
  # 用+连接scale_x_discrete来修改刻度标签，顺序与order参数对应
  scale_x_discrete(labels = c("Uncontrolled Disease", "Controlled Disease"))

关键注意事项： #

• ggboxplot是ggpubr包对ggplot2的封装，所有ggplot2的图层调整（坐标轴样式、主题、注释等）都需要通过+来追加，而非作为ggboxplot的参数。
• 确保labels的顺序和你设置的order参数完全匹配：你指定了order = c("Progressive", "Stable")，所以第一个标签对应Progressive，第二个对应Stable，和你想要的映射关系一致。
• 如果后续需要调整其他绘图元素（比如字体大小、背景样式），同样可以用+追加对应的ggplot2主题函数。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者sabc04