基于JavaFX的生命树可视化：分支(Clade)与层级判定问题

我正在开展基于JavaFX的生命树可视化项目，数据源为Kaggle的Tree of Life Dataset。该数据集将物种按域、界、门等生物分类层级组织为树形结构，直至单个物种，目标是创建可交互的层级可视化供用户探索。

目前已定义三个数据模型：

• TreeNode - 表示树中单个节点（可为物种或分类层级）；
• TreeLink - 表示节点间的父子关系链接；
• TreeModel - 聚合节点与链接，管理整体结构。

当前核心挑战是正确为每个节点分配层级，以及识别分支(Clade)——树中重要类群，这类类群不一定与域、界等固定分类层级匹配，且数据集未明确标记分支或提供判定的生物学指标。

以下是TreeNode类的简化版本：

public class TreeNode {
    private String id;
    private String name;
    private List<TreeNode> children = new ArrayList<>();
    private boolean isCluster; // 可用于标记分支？
    // 额外字段与方法...
}

以下是尝试在控制器中分配层级的代码，但无法有效整合分支：

private void assignLevel(TreeNode node, int level) {
    if (node == null) return;

    node.setLevel(level);
    node.setHierarchyTag(getHierarchyTag(level));

    // 定义分支的粗糙尝试
    if (node.getChildren().size() > THRESHOLD || level == 0) { 
        node.setCluster(true);
    }

    // 递归为子节点分配层级
    for (TreeNode child : node.getChildren()) {
        assignLevel(child, level + 1);
    }
}

private String getHierarchyTag(int level) {
    // 设置层级标签
    switch (level) {
        case 0: return "life";
        case 1: return "domain";
        case 2: return "kingdom";
        case 3: return "phylum";
        case 4: return "class";
        case 5: return "order";
        case 6: return "family";
        case 7: return "genus";
        case 8: return "species";
        default: return "unknown";
    }
}

我不确定如何解决以下问题：

• 判定哪些节点应被视为分支(Clade)；
• 调整层级以适配分支，确保分支前后及内部节点的位置正确；
• 确保整体不超出8个分类层级范畴。

恳请提供解决思路，尤其是分支识别与层级整合的策略。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Alex