如何利用UMAP坐标复现GSE151710中S2图的UMAP可视化（R代码）

1. 安装并加载必要R包 #

如果未安装以下依赖包，先执行安装命令；已安装则直接加载：

# 仅首次运行需要安装
install.packages(c("tidyverse", "ggplot2"))

# 加载包
library(tidyverse)
library(ggplot2)

2. 读取元数据文件 #

手动从NCBI GEO数据库获取GSE151710_meta_single_cell_2_total_CD45.tsv.gz文件，将其放入R工作目录后，执行读取命令：

meta_data <- read_tsv("GSE151710_meta_single_cell_2_total_CD45.tsv.gz")

3. 筛选目标样本 #

仅保留GSM4588939和GSM4588940对应的数据集行：

filtered_data <- meta_data %>%
  filter(gsm %in% c("GSM4588939", "GSM4588940"))

4. 绘制UMAP图 #

根据论文补充图S2的呈现逻辑，按细胞类型着色（请根据元数据实际列名替换cell_type，可通过colnames(meta_data)查看所有列名），并优化图的样式以贴近原图：

ggplot(filtered_data, aes(x = UMAP_1, y = UMAP_2, color = cell_type)) +
  geom_point(size = 0.5) +  # 调整点大小匹配原图密度
  theme_bw() +
  theme(panel.grid = element_blank(),
        legend.position = "right",
        plot.title = element_text(hjust = 0.5, size = 14, face = "bold")) +
  labs(title = "UMAP: GSM4588939 & GSM4588940",
       x = "UMAP 1",
       y = "UMAP 2")

额外调整建议 #

• 如果需要完全匹配论文的配色方案，可使用scale_color_manual()自定义颜色映射
• 若元数据中UMAP坐标列名不是UMAP_1/UMAP_2，替换为实际列名即可

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Estevão Barcelos