安装Saezlab的LIANA R包遇问题，寻求解决方案

针对第一个错误（Config/testthat/edit格式问题） #

旧版本remotes包不支持新版R包DESCRIPTION中的Config/testthat/edit字段，执行以下步骤：

• 更新remotes到最新版本：

  install.packages("remotes")
  

• 重新运行官方安装命令：

  remotes::install_github('saezlab/liana')
  

针对第二个错误（源码安装非零退出状态） #

非零退出状态通常由依赖缺失或编译环境不足导致：

1. 安装所有依赖包（优先用BiocManager处理Bioconductor系依赖）：

   if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
       install.packages("BiocManager")
   BiocManager::install(c("basilisk.utils", "basilisk", "OmnipathR", "Seurat", "tidyverse", "purrr"), dependencies = TRUE)
   

2. 确认HPC集群加载了必要的编译模块，比如gcc、g++、make：

   module load gcc/11.3.0
   module load make
   

   （具体模块名称请根据集群环境调整，可咨询管理员）
3. 重新执行源码安装，同时开启依赖检查：

   install.packages(".", repos = NULL, type = "source", dependencies = TRUE)
   

针对第三个错误（homologene_download未导出） #

该问题源于OmnipathR版本与LIANA不兼容，旧版本OmnipathR未导出该函数：

• 安装与Bioconductor 3.15兼容的OmnipathR指定版本：

  BiocManager::install("OmnipathR", version = "3.15")
  

• 若仍有问题，直接安装LIANA适配的OmnipathR开发版：

  remotes::install_github('saezlab/OmnipathR')
  

• 完成后重新尝试安装LIANA

HPC环境额外注意事项 #

• 执行.libPaths()确认包安装路径，若遇到权限问题，指定个人包目录安装：

  install.packages("remotes", lib = "/path/to/your/private/R/library")
  .libPaths("/path/to/your/private/R/library")
  

• 确保加载的R/4.2.1-foss-2022a和R-bundle-Bioconductor/3.15模块环境稳定，避免版本冲突

内容的提问来源于stack exchange，提问作者JohnJ