使用ggplot2+gghalves+ggdist绘制Raincloud图数据显示异常求助

问题根源 #

• 错误的颜色映射：geom_half_point中colour = "Summary statistics"被放在aes()内部，ggplot会将该字符串视为分类变量进行映射，而非直接设置颜色，导致数据点被错误分组，出现随机偏移的异常值。
• 未定义的数据集引用：lims(y = range(seconddataun$avg_uniq_comp))引用了未提供的seconddataun数据集，若该数据集范围与当前使用的data差异较大，会放大异常点的视觉效果。
• 比例尺顺序冲突：scale_color_pilot()与scale_color_manual()的顺序错误，手动颜色设置未正确覆盖默认比例尺，加剧了颜色映射的混乱。

修正后的代码 #

# 基于当前数据集计算y轴范围
y_range <- range(data$avg_uniq_comp)

uniquecompplot <- ggplot(data, 
                         aes(x = hollow_breeder_status, 
                             y = avg_uniq_comp,
                             fill = hollow_breeder_status)) +
  # 修正：将颜色设置移出aes，作为固定参数
  gghalves::geom_half_point(aes(shape = as.factor(nobroods)),
                            colour = "black",
                            side = "l",
                            range_scale = 0.05,
                            alpha = .6,
                            size = 2.2,
                            position = position_identity()) +
  ggdist::stat_halfeye(
    adjust = .4,
    width = .87,
    colour = NA) +
  labs(title = "Breeder status' relationship to unique competitors per day",
       subtitle = "Summary statistics: general linear model results over raw data",
       x = "Breeder status",
       y = "Average unique competitors per day") +
  coord_flip() +
  pilot::scale_fill_pilot() +
  pilot::theme_pilot(grid = "",
                     axes = "b") + 
  theme(legend.position = "bottom",
        axis.text.y = element_text(face = "italic"),
        plot.title = element_text(size = 16),
        plot.subtitle = element_text(size = 12)) +
  scale_shape_manual(name = "Number of broods",
                     values = c("1" = 16, "2" = 17, "3" = 15, "4" = 8)) +
  guides(fill = FALSE) +
  # 修正：使用当前数据集的y轴范围
  lims(y = y_range)

uniquecompplot

关键修改说明 #

1. 颜色设置修正：将颜色参数从aes()中移出，作为图层固定属性，避免ggplot将其解析为变量映射，彻底解决数据点随机偏移问题。
2. y轴范围修正：基于当前绘图数据集计算y轴范围，确保轴范围与数据匹配，消除异常点被过度放大的视觉效果。
3. 比例尺冲突解决：移除重复的颜色比例尺设置，仅保留填充色的pilot比例尺，简化设置并避免映射冲突。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者flatcrab