如何使用Python或Bash合并指定的两个制表符分隔文件？

现有两个制表符分隔文件：
**文件1（file1.txt）**内容：

a       1       2       3
b       6       7       8
c       9       0       9

**文件2（file2.txt）**内容：

a_rna_1 r       r       x
a_rna_2 q       q       d
a_rna_3 c       c       c
b_rna_1 e       e       e
c_rna_1 a       a       g

需要将它们合并为以下格式：

a       1       2       3       a_rna_1 r       r       x
a       1       2       3       a_rna_2 q       q       d
a       1       2       3       a_rna_3 c       c       c
b       6       7       8       b_rna_1 e       e       e
c       9       0       9       c_rna_1 a       a       g

是否存在自动实现该合并的方法？

可以用awk工具实现，核心逻辑是通过文件2第一列的前缀（如a_rna_1的前缀为a）关联文件1对应的行，然后拼接输出。

执行以下命令即可完成合并：

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} NR==FNR{map[$1]=$0;next} {prefix=$1;sub(/_rna_.*/,"",prefix);print map[prefix],$0}' file1.txt file2.txt

命令解释 #

• BEGIN{FS=OFS="\t"}：设置输入和输出的分隔符为制表符，保证格式一致
• NR==FNR{map[$1]=$0;next}：处理第一个文件（file1.txt），将每行内容存入数组map，键为第一列的值（如a、b）
• prefix=$1;sub(/_rna_.*/,"",prefix)：处理第二个文件时，提取第一列的前缀（去掉_rna_及后面的内容）
• print map[prefix],$0：将文件1中对应前缀的行与文件2当前行拼接输出

如果文件2第一列的前缀规则有变化（比如后缀不是_rna_），只需调整sub函数中的正则表达式即可适配。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Su C