使用GDB调试Manta 1.6.0时出现段错误的求助

环境与编译信息 #

• 系统：RHEL 8
• 编译器：gcc 9.2.0
• Manta版本：1.6.0，编译参数--build-type=RelWithDebInfo

错误触发场景 #

运行以下GenerateSVCandidates命令时出现segmentation fault, core dumped错误：

manta/1.6.0/libexec/GenerateSVCandidates --threads 10 --align-stats alignmentStats.xml --graph-file svLocusGraph.bin --bin-index 0 --bin-count 1 --max-edge-count 10 --min-candidate-sv-size 8 --min-candidate-spanning-count 3 --min-scored-sv-size 50 --ref GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_short_headers_nonACTG_to_N.fa --candidate-output-file svHyGen/candidateSV.0000.vcf --tumor-output-file svHyGen/tumorSV.0000.vcf --chrom-depth chromDepth.txt --edge-runtime-log svHyGen/edgeRuntimeLog.0000.txt --edge-stats-log results/stats/svCandidateGenerationStats.xml --edge-stats-report results/stats/svCandidateGenerationStats.tsv --tumor-align-file sample.bam

GDB调试栈回溯结果 #

崩溃后执行bt命令得到的栈回溯包含8733帧，其中约8700帧指向manta-1.6.0.release_src/src/c++/lib/assembly/IterativeAssembler.cpp第586行的searchRepeats函数，index值范围为20至33319。栈顶关键帧如下：

#0  0x0000155554637b4e in _int_malloc () from /lib64/libc.so.6
No symbol table info available.
#1  0x0000155554639982 in malloc () from /lib64/libc.so.6
No symbol table info available.
#2  0x000000000070ddd5 in operator new (sz=81) at /research/bsi/tools/shared/gcc-9.2.0/libstdc++-v3/libsupc++/new_op.cc:50
        p = <optimized out>
#3  0x000000000078920d in std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >::_M_mutate (this=this@entry=0x15555419d1f0, __pos=__pos@entry=40, __len1=<optimized out>, __s=__s@entry=0x0, __len2=__len2@entry=1)
    at /research/bsi/tools/shared/build/x86_64-pc-linux-gnu/libstdc++-v3/include/bits/basic_string.tcc:310
        __how_much = 0
        __new_capacity = 80
        __r = <optimized out>

问题咨询 #

推测该错误由内存不足导致，当前系统负载较高，现咨询：

1. 如何为Manta分配更多内存？
2. 是否有其他用户遇到过同类问题？

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Greg Dougherty